市场主体登记机关登记错误，赔偿问题需根据具体情况分析，一般可按以下思路处理：

1. 赔偿责任的确定
   登记机关因登记错误造成市场主体或他人损失的，通常需承担行政赔偿责任。根据《中华人民共和国国家赔偿法》第四条，行政机关及其工作人员在行使行政职权时，因违法行为侵犯财产权的，受害人有取得赔偿的权利。登记错误若因登记机关的过错（如审查不严、程序违法等）导致，登记机关应依法赔偿。

2. 赔偿范围与标准
   赔偿范围一般限于直接损失，包括：

   • 因登记错误导致的财产直接减少（如交易机会丧失、合同违约赔偿等）；
     
   • 为纠正错误产生的合理费用（如律师费、公证费、差旅费等）。
     注意：间接损失（如预期收益、商业信誉损失等）通常难以获得支持，除非能证明登记机关存在重大过错且损失与错误登记有直接因果关系。

3. 赔偿程序

   • 协商解决：可先与登记机关沟通，要求其主动纠正错误并赔偿损失；
     
   • 行政复议或诉讼：若协商无果，可向登记机关的上级部门申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼，要求确认登记行为违法并赔偿；
     
   • 国家赔偿申请：在行政诉讼确认登记行为违法后，可单独或一并提起国家赔偿申请，由登记机关的财政部门审核赔偿。

4. 举证责任
   申请人需证明：

   • 登记机关存在过错（如未履行审查义务）；
     
   • 自身遭受了实际损失；
     
   • 损失与登记错误之间存在因果关系。
     建议：保留相关证据（如登记材料、交易合同、损失凭证等），必要时可申请司法鉴定或专家评估。

5. 特殊情形

   • 若登记错误系因申请人提供虚假材料导致，登记机关可能免责，但需证明其已尽到合理审查义务；
     
   • 若登记机关与第三方共同过错导致损失，可能承担连带或按份赔偿责任。

温馨提示：赔偿问题涉及具体案情和证据，建议根据实际情况进一步分析。若有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供详细解答。