在租赁合同中约定的免租期内，房产税的缴纳方式主要依据《中华人民共和国房产税暂行条例》以及相关税务部门的通知来执行。以下是对此问题的详细解答：
一、纳税义务人
首先，需要明确的是，房产税的纳税义务人为房屋的产权所有人。在租赁合同中，无论是否约定免租期，房产税均由房屋产权所有人（即出租方）缴纳，而非承租方。
二、计税依据与缴纳方式
一般情况下的计税依据：
- 房产税通常依照房产原值一次减除一定比例（如10%至30%，具体比例由省、自治区、直辖市人民政府确定）后的余值计算缴纳，年税率为1.2%。
- 或者，房产税也可以按照租金收入计算缴纳，税率为12%。但在免租期内，由于没有实际收到租金，因此通常不按租金收入计税。
免租期内的特殊处理：
- 根据《财政部 国家税务总局关于安置残疾人就业单位城镇土地使用税等政策的通知》（财税〔2010〕121号）的规定，对出租房产，租赁双方签订的租赁合同约定有免收租金期限的，免收租金期间由产权所有人按照房产原值缴纳房产税。
- 这意味着，在免租期内，出租方需要按照房产原值减去一定比例后的余值乘以1.2%来计算应缴纳的房产税。
税务机关的特殊要求：
- 如果税务机关认为“免租金”实质为低价转让使用权或存在其他避税行为，可能要求按市场租金评估值作为计税依据。这种情况下，出租方需要按照市场租金评估值来计算并缴纳房产税。
三、申报与缴纳流程
申报时间：
- 房产税按年征收、分期缴纳，具体期限由地方税务机关规定（如季度或半年）。
- 出租方应在房产所在地税务机关规定的期限内申报并缴纳房产税。
所需材料：
- 申报时，出租方需要提供房产证复印件、租赁合同（含免租条款）、身份证明等材料。
- 如果按市场租金评估值计税，还需要提供评估报告。
缴纳方式：
- 出租方可以通过电子税务局、办税服务厅或指定银行渠道完成税款缴纳。
四、注意事项与风险提示
税务风险防控：
- 出租方应避免将“免租金”伪装为赠与或其他形式以逃避税收，这可能导致税务机关的处罚。
- 确保合同条款清晰明确，避免模糊表述引发税务争议。
政策差异提示：
- 部分地区可能对特定类型房产（如保障性住房、小微企业自用房产）有减免政策，出租方应咨询当地税务机关确认是否符合减免条件。
长期免租的特殊处理：
- 如果免租期超过合理范围（如数年），税务机关可能质疑交易真实性，要求调整计税依据。出租方应提前与税务机关沟通，确保合规申报。
五、示例说明
假设某企业将自有商铺出租给商户，合同约定前6个月免租金，后6个月每月租金5万元：
- 免租期间：企业无需按租金缴纳房产税，但若税务机关认定需从价计征，则按房产原值减除比例后的余值×1.2%计算缴纳。
- 收费期间：企业按实际租金收入（5万/月×6月=30万）×12%=3.6万元缴纳房产税。
综上所述，租赁合同中约定的免租期内，房产税由产权所有人（出租方）承担，并通常按照房产原值减除一定比例后的余值计算缴纳。出租方应提前了解当地税务政策，确保合规申报并缴纳房产税。