在案件办理过程中，如果发现异地企业存在违法行为，可以按照以下步骤处理：

1. 固定证据：首先，要确保违法行为的证据充分且合法。这可能包括合同、交易记录、通信记录、现场照片或视频、证人证言等。证据的收集应当遵循法律程序，避免侵犯他人合法权益。

2. 确定管辖法院或行政机关：

   • 民事诉讼：如果违法行为涉及民事纠纷，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，通常由被告住所地或合同履行地法院管辖。如果异地企业是被告，且其住所地与案件有实际联系，可以向其住所地法院提起诉讼。
   • 行政处罚：如果违法行为属于行政违法，应向违法行为发生地的相关行政机关（如市场监督管理局、税务局等）报告，由其依法进行调查和处理。
   • 刑事诉讼：如果违法行为涉嫌犯罪，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，犯罪地（包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地）的公安机关、人民检察院或人民法院有管辖权。可以向犯罪地的公安机关报案，由其立案侦查。

3. 跨区域协作：

   • 司法协作：如果案件涉及跨区域司法管辖，可以依据《中华人民共和国民事诉讼法》、《中华人民共和国刑事诉讼法》等相关法律的规定，通过司法协作机制，请求异地法院或公安机关协助调查、取证或执行。
   • 行政协作：在行政执法过程中，如果需要异地行政机关的协助，可以依据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律的规定，通过行政协作机制，请求异地行政机关提供协助。

4. 法律程序：

   • 民事诉讼程序：向有管辖权的法院提起诉讼，提交起诉状和相关证据，法院将依法进行审理。
   • 行政处罚程序：向有管辖权的行政机关报案，行政机关将依法进行调查，并根据调查结果作出行政处罚决定。
   • 刑事诉讼程序：向有管辖权的公安机关报案，公安机关将依法进行立案侦查，侦查终结后移送人民检察院审查起诉，最终由人民法院进行审判。

5. 后续执行：

   • 民事判决执行：如果获得民事判决，但异地企业不履行判决义务，可以向其住所地或财产所在地的法院申请强制执行。
   • 行政处罚执行：如果行政机关作出行政处罚决定，异地企业不履行处罚义务，行政机关可以依法申请人民法院强制执行。
   • 刑事判决执行：如果异地企业或其相关责任人被判处刑罚，将由司法机关依法执行。

建议：在处理异地企业违法行为时，建议与当地的法律专业人士（如律师）合作，以确保程序的合法性和有效性。如果你有具体的案件或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。