合同中明确标注一式两份却是三份，一般情况下并没有实质性的危险。下面我将从几个角度对此进行解释：

1. 合同份数的法律意义：

   • 合同中标注的“一式两份”通常意味着合同双方各持一份，作为各自的权利和义务的依据。
   • 实际制作三份合同，并不改变合同本身的法律效力和双方的权利义务关系，只要合同内容真实、合法，且双方均签字盖章确认。

2. 多余合同份数的处理：

   • 第三份合同可以作为备用，以防其中一份丢失或损坏。
   • 在某些情况下，如需要向第三方（如监管机构、银行等）提供合同副本时，第三份合同也可以作为备用。

3. 可能的风险及防范措施：

   • 风险：如果三份合同中的某一份被不当使用或泄露，可能会引发不必要的纠纷或法律风险。
   • 防范措施：确保所有合同份数均妥善保管，并严格控制合同的流传范围。在合同上加盖“仅供备案”或“副本”等字样，以区分不同用途的合同份数。

4. 合同的法律效力：

   • 合同的法律效力并不取决于合同的份数，而是取决于合同的内容是否真实、合法，以及双方是否签字盖章确认。
   • 因此，即使合同份数与标注不符，只要合同内容真实、合法，且双方均签字盖章确认，合同仍然具有法律效力。

综上所述，合同中明确标注一式两份却是三份，一般情况下并没有实质性的危险。但为了确保合同的规范性和安全性，建议双方在签订合同时严格按照约定的份数制作和保管合同，并采取相应的防范措施以避免不必要的纠纷或法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。