结论前置：名为分公司实为独立法人的情况，在法律上可能引发一系列复杂的后果，主要包括公司设立与登记的合规性问题、法律责任承担问题以及合同效力问题等。以下是对这些问题的详细分析：
公司设立与登记的合规性问题：
- 法律背景：根据《公司法》及相关规定，分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。若名为分公司实为独立法人，则可能违反了公司设立与登记的相关规定。
- 法律后果：这种违规行为可能导致公司被工商行政管理部门责令改正，甚至可能面临罚款等行政处罚。同时，如果这种违规行为影响了公司的正常运营或损害了第三方的利益，还可能引发民事纠纷或刑事责任。
法律责任承担问题：
- 法律背景：独立法人具有独立的民事责任能力，能够以其全部财产独立承担民事责任。而分公司作为总公司的分支机构，其民事责任应由总公司承担。
- 法律后果：若名为分公司实为独立法人，在发生民事纠纷时，可能会引发关于责任承担主体的争议。如果法院认定该“分公司”实际上具有独立法人资格，那么其可能需独立承担民事责任，这与总公司的预期可能不符，从而给总公司带来不必要的法律风险。
合同效力问题：
- 法律背景：合同的效力取决于合同双方的主体资格、意思表示真实以及合同内容合法等因素。如果合同一方以分公司的名义签订合同，但实际上该分公司并不具有独立法人资格，那么合同的效力可能会受到影响。
- 法律后果：在合同履行过程中，如果因分公司不具有独立法人资格而导致合同无法履行或产生纠纷，那么合同的另一方可能会主张合同无效或要求总公司承担责任。这可能会给总公司带来经济损失和声誉损害。
建议与措施：
- 合规审查：公司应定期进行合规审查，确保分公司的设立与登记符合相关法律法规的规定，避免名为分公司实为独立法人的情况发生。
- 明确责任划分：在总公司与分公司之间明确责任划分，确保在发生民事纠纷时能够迅速确定责任承担主体，降低法律风险。
- 合同审查：在签订合同时，应仔细审查合同对方的主体资格，确保合同对方具有签订和履行合同的合法资格。同时，在合同中明确约定责任承担方式，以避免因分公司不具有独立法人资格而引发的合同纠纷。
进一步思考：在实际操作中，名为分公司实为独立法人的情况可能涉及复杂的法律关系和利益纠葛。因此，公司在处理此类问题时，应充分考虑各种法律因素，并寻求专业法律人士的帮助，以确保公司的合法权益得到保障。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的解答。