您好，关于您提出的“单位档案部门出具的亲属关系证明当时已有效，能否长期有效”的问题，这需要从档案保管的特性和相关政策规定来综合理解。

首先，档案部门出具的亲属关系证明，其有效性是基于出具时档案内容的真实性和完整性。一旦证明被出具，它在那一刻是具有法律效力的，可以作为相关事务的凭证。然而，关于其“长期有效”的问题，我们需要明确几个关键点：

1. 档案保管期限：档案的保管期限分为“永久”和“定期”。对于“永久”保管的档案，理论上是一直保存下去的，不存在到期的问题。但并非所有档案都会被定为“永久”保管，这取决于档案的内容、价值和相关规定。如果亲属关系证明所在的档案被定为“永久”保管，那么该证明在档案被妥善保存的前提下，可以视为长期有效。但如果是“定期”保管的档案，到期后可能会根据规定进行销毁或处理，此时证明的有效性就会受到影响。

2. 档案内容的更新与变化：亲属关系可能会因为时间推移、家庭成员变化等因素而发生变化。如果档案中的亲属关系信息在出具证明后发生了变化，那么原证明的有效性就会受到质疑。因此，即使档案被长期保存，也不能保证其中的亲属关系信息始终准确无误。

3. 政策与法规的变化：政策和法规可能会随着时间推移而发生变化，对档案的管理和利用提出新的要求。如果相关政策或法规对亲属关系证明的有效期、使用范围等做出了新的规定，那么原证明的有效性就需要根据新规定来重新评估。

4. 实际使用中的验证：在实际使用中，相关部门或机构可能会要求验证亲属关系证明的真实性和有效性。这可能包括核对档案原件、查询相关信息系统、要求补充其他证明材料等。如果无法通过验证，那么原证明的有效性就会受到质疑。

综合建议：

• 如果您需要长期使用亲属关系证明，建议您定期向档案部门查询并更新相关信息，确保证明内容的准确性和时效性。
• 在使用证明时，最好与相关部门或机构沟通确认其具体要求和验证方式，以便提前做好准备。
• 如果政策或法规发生变化，及时关注并了解新规定对证明有效性的影响，必要时重新办理相关证明。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。