村支部书记扣押农民土地承包证是违法的行为。以下从多个角度为您详细分析：

法律依据与性质

土地承包证是农民土地权益的法定凭证，它确认了农民对土地的承包经营权，具有明确的法律效力。《中华人民共和国民法典》和《中华人民共和国农村土地承包法》均明确规定，公民的物权及土地承包经营权受法律保护，任何组织和个人不得侵犯。村支部书记作为村级组织的负责人，其职责应是维护村民的合法权益，而非侵害。扣押土地承包证，阻碍了农民正常行使其物权，这明显违反了法律的基本原则。

侵害的权益

1. 财产权益：土地承包证涉及土地流转、抵押、征收补偿等诸多经济利益。扣押该证会使农民无法正常实现这些权益，比如影响土地流转获取收益，从而直接损害农民的经济收入。

2. 自主选择权：农民作为土地的权益主体，有权自主决定如何使用和处置自己的土地权益。扣押承包证限制了农民的自由支配权，侵犯了其自主选择权，这是对农民基本权利的严重侵害。

法律后果

1. 民事责任：若因村支部书记扣押土地承包证导致农民遭受经济损失，农民有权要求其承担民事赔偿责任。例如，因错过土地流转最佳时机而造成的经济损失，农民可以通过民事诉讼要求赔偿。

2. 行政责任：村支部书记的此类行为还可能违反行政管理规定，上级主管部门可对其进行批评教育、警告、记过等行政处分；情节严重者，还可能被撤销职务。

维权途径

1. 沟通协商：首先，您可以尝试与村支部书记进行沟通协商，明确要求其返还土地承包证。在沟通过程中，保持冷静和理性，说明扣押证件的违法性和对您造成的损害。

2. 寻求帮助：若协商不成，您可以向乡镇政府、农业农村部门等相关机构反映情况，寻求他们的帮助和解决。这些机构有责任和义务维护农民的合法权益，他们会根据具体情况进行调查和处理。

3. 法律途径：在必要时，您还可以向当地的农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，或者直接向人民法院提起诉讼。通过法律途径来维护自己的权益，是合法且有效的手段。

综上所述，村支部书记扣押农民土地承包证是违法的行为，不仅侵害了农民的合法权益，还可能导致严重的法律后果。作为农民，您应依法维护自己的土地权益，遇到此类问题不要慌张，按照上述维权途径逐步解决。如果您在维权过程中遇到任何困难或疑问，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。