在农村土地上做记号防止他人占用，需结合法律程序与物理标识双重手段，以下为具体建议：

1. 法律层面的“记号”：确权登记
   根据《土地管理法》第十二条，土地所有权和使用权需依法登记。最有效的防占用方式是完成土地确权登记，取得《农村土地承包经营权证》或《不动产权证书》。确权后，土地四至范围（东、南、西、北边界）会明确记载于证书，并由政府备案，具有法律公示效力。即使他人侵占，也可凭证书主张权利，要求返还或通过法律途径维权。

2. 物理层面的“记号”：边界标识
   在确权基础上，可通过以下方式强化边界标识：

   • 自然标识：种植边界树（如杨树、梧桐等易辨识树种），或挖掘边界沟（需注意深度，避免破坏耕地）；
     
   • 人工标识：埋设界桩（如水泥桩、石桩），刻上土地权利人姓名及确权编号；
     
   • 现代技术：使用GPS定位仪记录边界坐标，或委托测绘机构制作土地平面图，留存作为证据。
     注意：物理标识需与确权证书的四至范围一致，避免因标识错误引发纠纷。

3. 日常管理：定期巡查与证据留存

   • 定期检查土地边界标识是否完好，发现损坏及时修复；
     
   • 留存土地使用证据（如耕种照片、灌溉记录、邻里证人证言），证明长期实际使用；
     
   • 若发现他人侵占，立即拍照、录像取证，并书面通知对方停止侵害（保留送达凭证）。

4. 争议解决：协商与法律途径

   • 优先通过村委会或乡镇政府调解，利用基层组织协调解决；
     
   • 若调解无果，可向法院提起民事诉讼，主张排除妨害、返还土地或赔偿损失。
     提示：诉讼时效为3年，自知道权利被侵害之日起计算，需及时主张权利。

总结：防止土地被占用的核心是“法律确权+物理标识+日常管理”，三者缺一不可。确权登记是根本，物理标识是辅助，日常管理是保障。若遇复杂情况（如土地权属争议、他人强行侵占），可进一步向我咨询具体应对方案。