结论：短剧在抖音有备案，且短剧公司作为版权人挂载广告收益，这一行为在合法合规的前提下是合法的。以下从多个角度进行详细分析：

1. 版权归属与合法性：

   • 版权确认：首先，需要确认短剧公司确实是该短剧的版权人。版权人享有对其作品的复制权、发行权、出租权、展览权、表演权、放映权、广播权、信息网络传播权、摄制权、改编权、翻译权、汇编权以及应当由著作权人享有的其他权利。若短剧公司确实拥有版权，则其有权对短剧进行商业化利用，包括挂载广告获取收益。
   • 备案作用：短剧在抖音有备案，这通常意味着该短剧已经通过了平台的内容审核，符合平台的内容规范和要求。备案本身并不直接赋予版权，但它是作品在特定平台上合法传播的一个前提条件。

2. 广告挂载与收益合法性：

   • 广告挂载：作为版权人，短剧公司有权决定如何在其作品上挂载广告。这通常涉及到与广告主的合作协议，明确广告内容、挂载方式、收益分配等条款。
   • 收益合法性：只要广告内容合法、不违反相关法律法规和平台规定，且短剧公司与广告主之间的合作协议合法有效，那么短剧公司通过挂载广告获得的收益就是合法的。

3. 潜在法律风险与合规建议：

   • 版权侵权风险：短剧公司应确保其挂载的广告不侵犯第三方的版权或其他合法权益。例如，广告中使用的音乐、图片、视频等素材应获得合法授权。
   • 广告内容合规性：广告内容应符合相关法律法规和平台规定，不得含有虚假宣传、误导性信息或违法违规内容。
   • 合规建议：为降低法律风险，短剧公司应建立完善的版权管理制度和广告审核机制，确保所有广告内容均经过合法授权和合规审核。同时，与广告主签订详细的合作协议，明确双方的权利义务和责任分担。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 合同审查：在与广告主签订合作协议前，短剧公司应仔细审查合同条款，确保合同内容合法、明确、无歧义。
   • 收益分配：明确收益分配方式，包括广告费用的计算、支付方式和时间等，以避免后续纠纷。
   • 税务合规：短剧公司应依法履行纳税义务，确保广告收益的税务处理合规。

总结与建议：短剧在抖音有备案，且短剧公司作为版权人挂载广告收益，在合法合规的前提下是合法的。为确保这一行为的合法性，短剧公司应建立完善的版权管理制度和广告审核机制，与广告主签订详细的合作协议，并依法履行纳税义务。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。