借款来源不合法时，本金是否受保护需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若借款来源涉及非法活动（如赌博、贩毒、诈骗等违法犯罪所得）
   根据《民法典》第153条及《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第13条，借款合同因违反法律强制性规定或公序良俗而无效。此时，本金虽需返还，但法院可能采取以下处理方式：

   • 本金返还义务：借款人仍需返还出借人实际交付的款项（本金），但利息约定无效，出借人无权主张利息。
     
   • 非法所得追缴：若借款来源涉及犯罪所得（如赃款），法院可能将本金直接收缴，而非返还给出借人。例如，若出借人明知款项为赌博所得仍出借，本金可能被依法没收。
     
   • 刑事责任风险：出借人若参与非法活动（如协助转移赃款），可能面临刑事处罚，此时本金返还可能被刑事程序阻断。

2. 若借款来源合法，但出借人明知借款人用于非法活动（如放高利贷、非法集资）
   根据《民法典》第154条，借款合同可能因恶意串通损害他人利益或违反公序良俗而无效。此时：

   • 本金返还限制：若借款人已将借款用于非法活动（如赌博输光），法院可能判决借款人返还剩余本金，但若款项已无法追回，出借人可能承担部分损失。
     
   • 行政或刑事处罚：出借人若涉及高利贷（利率超过法定上限）或非法集资，可能面临行政处罚或刑事责任，但本金返还仍以实际剩余为限。

3. 若借款来源合法，且出借人不知借款人用途
   借款合同有效，本金受法律保护。即使借款人将款项用于非法活动，出借人仍有权要求返还本金及合法利息。例如，借款人借款后用于个人消费，但后续因其他犯罪被查处，不影响出借人主张债权。

实务建议：

• 出借前应核实借款用途，避免参与非法活动；
  
• 若发现借款来源或用途涉嫌违法，应立即终止交易并保留证据；
  
• 涉及大额借款时，建议通过银行转账并备注用途，降低法律风险。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性分析。