没有购车合同而只有挂靠协议，在车辆买卖纠纷中可能会带来多方面的影响，具体分析如下：
合同效力的认定问题：
- 购车合同是明确买卖双方权利义务关系的重要法律文件，它详细规定了车辆的基本信息、交易价格、付款方式、交付时间、质量标准、违约责任等关键条款。在没有购车合同的情况下，一旦发生纠纷，买卖双方可能难以就这些关键条款达成一致，导致纠纷解决难度增加。
- 挂靠协议通常主要关注的是车辆挂靠经营的相关事宜，如挂靠费用、管理责任、保险购买等，它并不直接涉及车辆买卖的核心条款。因此，挂靠协议在车辆买卖纠纷中可能无法直接作为认定买卖双方权利义务的依据。
举证责任的承担：
- 在民事诉讼中，举证责任通常遵循“谁主张，谁举证”的原则。在没有购车合同的情况下，如果一方主张存在车辆买卖关系，那么该方需要承担举证责任，提供其他证据来证明买卖关系的存在以及双方的权利义务。这可能包括转账记录、聊天记录、证人证言等，但这些证据的证明力可能相对较弱，难以形成完整的证据链。
- 相比之下，如果存在购车合同，那么合同本身就是证明买卖关系存在的直接证据，举证责任会相对较轻。
违约责任的追究：
- 购车合同中通常会明确约定违约责任，如一方未按照合同约定履行义务，应承担何种违约责任。在没有购车合同的情况下，如果一方违约，另一方可能难以依据合同条款追究其违约责任，因为缺乏明确的违约责任约定。
- 挂靠协议中虽然也可能包含一些违约责任条款，但这些条款通常针对的是挂靠经营过程中的违约行为，而非车辆买卖过程中的违约行为。
车辆所有权的转移问题：
- 购车合同是车辆所有权转移的重要法律文件。在没有购车合同的情况下，车辆所有权的转移可能缺乏明确的法律依据，导致在车辆登记、过户等环节出现障碍。
- 挂靠协议并不涉及车辆所有权的转移问题，因此无法替代购车合同在车辆所有权转移方面的作用。
针对以上情况，我给出以下建议：
- 尽量补签购车合同：如果买卖双方尚未完成车辆交付或款项支付，建议尽快补签购车合同，明确双方的权利义务关系，以避免后续纠纷。
- 收集其他证据：如果无法补签购车合同，建议买卖双方积极收集其他证据来证明买卖关系的存在以及双方的权利义务，如转账记录、聊天记录、证人证言等。
- 咨询专业律师：在处理车辆买卖纠纷时，建议咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
最后，需要强调的是，购车合同是车辆买卖过程中不可或缺的法律文件，它对于明确买卖双方的权利义务关系、保障交易安全具有重要意义。因此，在进行车辆买卖时，务必签订书面购车合同，并妥善保管。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。