若原告不配合写结案申请，案件处理需分情况讨论，具体如下：

1. 若案件已通过调解、判决或裁定等法定程序终结，结案申请并非法定必经流程
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，案件结案的法定依据是法院作出的生效法律文书（如调解书、判决书、裁定书）或当事人达成并经法院确认的和解协议。结案申请本质是法院内部管理流程中的文书，用于记录案件处理结果，原告拒绝签署不影响案件法律上的终结状态。此时，法院可依据现有法律文书直接办理结案手续，无需原告配合。

2. 若案件尚未达到法定结案条件，原告不配合可能影响程序推进
   例如，在调解程序中，若双方已达成调解意向但原告拒绝签署调解协议或结案申请，法院需根据《民事诉讼法》第97条、第99条审查调解协议的合法性。若调解协议内容不违反法律强制性规定，法院可依职权制作调解书并送达双方，调解书经签收后即具有法律效力，案件以调解方式结案。原告拒绝签署仅导致调解程序终止，但不影响法院依法判决。

3. 若原告恶意拖延导致程序停滞，法院可依职权采取措施
   根据《民事诉讼法》第146条，若原告无正当理由拒不配合法院工作（如拒不签署结案文书、拒不领取法律文书等），法院可视为“拖延诉讼”行为，依法对原告进行训诫、罚款（个人10万元以下，单位5万元以上至100万元以下），或直接根据现有证据缺席判决。原告的消极行为不会阻碍法院依法结案。

实务建议：

• 若您作为被告，可向法院提交书面申请，要求法院依职权结案并说明原告不配合的具体情况（如拒绝签署文书的时间、方式等），附上相关证据（如通话记录、短信、邮件等）。
  
• 若案件涉及财产保全、行为保全等措施，可同时申请法院解除保全，避免因原告拖延导致您的权益受损。
  
• 若原告行为已构成滥用诉讼权利，可依据《民事诉讼法》第118条向法院提出制裁申请，要求对原告进行处罚。
  

总结：原告不配合写结案申请不影响案件法律上的终结，法院可依职权结案或通过制作调解书、判决等方式推进程序。您需及时向法院提交书面申请并固定证据，以维护自身合法权益。