当自行车（这里我们假设您问题中的“自行车”实际指的是类似电动车的非机动车，因为通常自行车与机动车的事故处理会明确区分，但为解答您的疑问，我们按非机动车与机动车的事故来处理）与机动车发生交通事故，且自行车承担主要责任、机动车承担次要责任时，赔偿问题的处理需依据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例、《中华人民共和国民法典》（侵权责任编）等相关法律法规。以下是详细的赔偿流程和注意事项：

一、责任划分与赔偿原则

1. 责任划分：

   • 交警部门会根据事故现场情况、双方行为对事故发生的作用以及过错的严重程度，出具交通事故责任认定书，明确自行车主责、机动车次责。
   • 主责方（自行车）通常承担70%至90%的赔偿责任，次责方（机动车）承担10%至30%的赔偿责任。具体比例由交警部门根据实际情况确定。

2. 赔偿原则：

   • 按照各自过错的比例分担责任，即自行车主责方承担主要赔偿责任，机动车次责方承担次要赔偿责任。
   • 赔偿范围包括人身损害赔偿（如医疗费、误工费、护理费、交通费等）和财产损失赔偿（如车辆维修费、物品损失等）。

二、赔偿流程

1. 及时报案与通知保险公司：

   • 事故发生后，应立即向交通事故处理机关报警，并同时通知机动车的保险公司。

2. 查勘定损：

   • 保险公司的理赔人员会迅速查勘现场，核定损失金额。

3. 抢救治疗：

   • 若有人员受伤，应立即拨打急救电话送医治疗，并保留好医疗费用单据。

4. 交强险赔付：

   • 保险公司在交强险责任限额内不区分责任比例进行赔偿。目前有责情况下的赔偿限额通常为：死亡伤残18万元，医疗费用1.8万元，财产损失0.2万元。

5. 划分赔偿比例：

   • 超出交强险部分，按事故责任比例分担。例如，若自行车承担80%责任，机动车承担20%责任，则超出部分按此比例分担。

6. 商业险赔偿（如有）：

   • 若机动车购买了商业第三者责任险，此阶段保险公司会根据合同进行赔偿。

7. 自行承担：

   • 商业险赔偿不足或未购买商业险时，由责任方按比例自行承担剩余部分。

8. 调解或诉讼：

   • 事故双方可由交警部门根据法律法规进行调解，履行赔偿义务后结案。若调解不成，可向法院提起诉讼。

三、赔偿项目与计算方式

1. 人身损害赔偿：

   • 医疗费：根据医疗机构出具的医药费、住院费等收款凭证，结合病历和诊断证明确定。
   • 误工费：根据受害人的误工时间和收入状况确定。误工时间由医疗机构出具的证明确定，收入状况则根据受害人实际减少的收入计算。
   • 护理费：根据护理人员的收入状况和护理人数、护理期限确定。护理人员有收入的，参照误工费的规定计算；无收入的，参照当地护工从事同等级别护理的劳务报酬标准计算。
   • 交通费：根据受害人及其必要的陪护人员因就医或转院治疗实际发生的费用计算，以正式票据为凭。
   • 其他费用：如营养费、残疾赔偿金、精神损害抚慰金等，根据具体情况确定。

2. 财产损失赔偿：

   • 根据车辆维修费发票、物品损失清单等证据确定赔偿金额。

四、注意事项

1. 保留证据：

   • 事故发生后，应及时报警并保留好相关证据，如事故现场照片、医疗费用单据、工资流水等，以便后续索赔。

2. 了解保险条款：

   • 在购买保险时，应仔细阅读保险条款，了解保险责任和免责范围，避免在理赔时出现纠纷。

3. 及时维权：

   • 若对方拒绝赔偿或协商不成，应及时通过法律途径维护自身权益，避免错过诉讼时效。

举例说明

假设事故造成自行车驾驶者损失总计5.5万元（医疗费3万元，误工费、护理费等2万元，自行车维修费0.5万元）：

• 交强险赔偿：保险公司赔偿医疗费1.8万元，死亡伤残（误工费、护理费等）2万元中的部分（若未超限额则全赔），财产损失0.2万元，共计可能赔偿4万元（具体以实际限额和损失情况为准）。
• 超出交强险部分：剩余1.5万元，按自行车80%、机动车20%的责任比例分担，自行车方需自行承担1.2万元，机动车方需赔偿0.3万元。若机动车有商业险，则此0.3万元由商业险赔偿；若无商业险或商业险赔偿不足，则由机动车车主或驾驶员承担。

综上所述，自行车与机动车发生交通事故时，赔偿责任的划分、赔偿内容以及赔偿流程均需严格按照相关法律法规进行，以确保双方权益得到合理保障。