若司法鉴定中最初认为是轻微伤，但结果为轻伤二级，你可以按照以下步骤处理：

1. 理解鉴定结果的法律效力：

   • 司法鉴定结果是具有法律效力的证据，它对于确定案件的性质、责任划分以及赔偿标准等都具有至关重要的作用。因此，一旦鉴定结果出来，应当认真对待，并理解其可能带来的法律后果。

2. 审查鉴定过程与结果：

   • 审查鉴定程序：确认鉴定过程是否遵循了法定程序，包括鉴定人的资质、鉴定方法的科学性、鉴定过程的公正性等。如果发现鉴定程序存在瑕疵，可能影响鉴定结果的公正性和准确性。
   • 审查鉴定结论：仔细分析鉴定结论，了解为何最初认为是轻微伤而最终鉴定为轻伤二级。这可能涉及到伤情的变化、鉴定标准的适用、鉴定人的主观判断等因素。

3. 考虑申请重新鉴定：

   • 申请条件：如果你对鉴定结果有异议，并且认为鉴定过程或结论存在明显问题，你可以考虑申请重新鉴定。根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，当事人有权对鉴定意见提出异议，并申请补充鉴定或者重新鉴定。
   • 申请流程：通常需要向办案机关（如公安机关、检察机关或法院）提出书面申请，说明申请重新鉴定的理由和依据。办案机关会审查你的申请，并决定是否同意重新鉴定。
   • 注意事项：重新鉴定并非随意进行，需要满足一定的条件，如鉴定程序违法、鉴定结论明显依据不足等。同时，重新鉴定也可能带来时间成本和经济成本，因此需要谨慎考虑。

4. 咨询专业律师意见：

   • 在处理此类问题时，咨询专业律师的意见是非常重要的。律师可以根据你的具体情况，分析鉴定结果的合法性、合理性以及可能带来的法律后果，为你提供专业的法律建议和策略。
   • 律师还可以协助你准备申请重新鉴定的材料，与办案机关沟通协商，以及在后续的法律程序中代表你进行辩护或诉讼。

5. 准备应对可能的法律后果：

   • 如果鉴定结果最终被确认为轻伤二级，那么这可能意味着案件的性质发生了变化，从可能的治安案件转变为刑事案件。你需要做好应对刑事调查、起诉和审判的准备。
   • 同时，你也需要考虑赔偿问题。根据《民法典》及相关司法解释，因侵权行为造成他人人身损害的，应当承担赔偿责任。赔偿范围包括医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入等。

在处理此类问题时，有几点特别建议：

• 保持冷静与理性：面对鉴定结果的变化和可能的法律后果，保持冷静和理性是非常重要的。不要因为情绪激动而做出冲动的决定或行为。
• 积极配合调查：如果案件进入刑事调查阶段，你需要积极配合办案机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据和线索。
• 关注自身权益：在处理案件的过程中，不要忽视自己的合法权益。如果认为自己的权益受到侵害或未得到充分保障，可以及时向律师或相关机构寻求帮助。

最后，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和策略。