结论：挪用公司5万元但在被发现后三个月内仅归还2万元，是否构成犯罪需结合具体情形判断。若挪用资金用于非法活动或营利活动，即使部分归还也可能构成犯罪；若仅用于个人一般用途且未超过三个月未还的数额标准，则可能不构成犯罪，但未归还部分仍可能面临民事责任或行政处罚。以下为详细分析：
一、构成犯罪的情形
进行非法活动：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百八十四条的规定，无论挪用数额大小，只要将公司资金用于非法活动（如赌博、走私、贩毒等），即构成挪用资金罪（若主体为公司、企业人员）或挪用公款罪（若主体为国家工作人员）。
- 举例：若您挪用公司5万元用于赌博，即使被发现后归还了2万元，剩余3万元未还，也因用于非法活动而构成犯罪。
进行营利活动且数额较大：
- 若将挪用的资金用于营利活动（如投资、购买股票、炒房等），且数额较大（一般指5万元以上），即使部分归还，也构成犯罪。
- 举例：若您挪用公司5万元投资股票，被发现后归还了2万元，剩余3万元未还，因用于营利活动且数额较大，仍构成犯罪。
二、不构成犯罪的情形
一般用途且未超过数额及时间标准：
- 若挪用资金仅用于个人一般用途（如家庭临时周转、医疗费用等），且数额未达到“数额较大”的标准（一般指5万元以上，但具体标准可能因地区而异），同时在三个月内归还了部分或全部资金，则可能不构成犯罪。
- 但需注意：若未归还部分达到“数额较大”的标准，且超过三个月未还，则可能构成犯罪。在您的情况下，已归还2万元，剩余3万元未还，若这3万元被视为“数额较大”且超过三个月未还（从挪用之日起算，而非发现之日起算），则可能构成犯罪。然而，由于您提到的是“被发现后三个月内仅归还2万元”，若从挪用之日起算未超过三个月，则可能不满足“超过三个月未还”的条件。但具体还需结合挪用时间、归还时间等细节判断。
及时归还且未造成严重后果：
- 即使挪用资金数额较大，但若在短时间内（如未超过三个月）全部归还，且未造成公司重大损失或严重后果，也可能不构成犯罪或可从轻处罚。但在您的情况下，仅归还了部分资金，剩余部分未还，因此这一情形可能不适用。
三、法律后果及建议
刑事责任：
- 若构成犯罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役等。具体刑罚将根据挪用数额、用途、归还情况等因素综合判断。
民事责任：
- 无论是否构成犯罪，您都需要承担民事责任，即归还剩余未还的资金及可能产生的利息、损失等。
行政处罚：
- 若不构成犯罪，但违反了公司规章制度或财经纪律，可能面临行政处罚，如警告、罚款、解雇等。
建议：
- 尽快与公司沟通，说明情况并协商归还剩余资金。
- 若面临刑事指控或调查，请立即向我咨询，我将根据您的具体情况提供法律帮助和辩护策略。
最后，每个案件都有其独特的情况和背景，判断是否构成犯罪及犯罪的严重程度需结合具体的证据和法律规定。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。