双方约定和解后刑事案件撤案的和解协议是否有效，主要取决于案件的性质以及相关法律规定，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

一、刑事案件类型与和解协议效力

1. 自诉案件

   • 效力：在自诉案件中，如侮辱、诽谤、暴力干涉婚姻自由等，基于意思自治原则，被害人与犯罪嫌疑人达成和解协议后，被害人有权向法院申请撤诉。只要和解协议真实、合法，且符合法律规定的撤诉条件，法院通常会准许撤案。
   • 例子：若甲因乙侮辱其人格而提起自诉，后双方达成和解协议，甲向法院申请撤诉，法院审查后认为符合撤诉条件，遂裁定准许撤诉，案件终结。

2. 公诉案件

   • 效力：公诉案件由检察机关代表国家提起诉讼，双方当事人达成和解协议并不直接导致撤案。但根据《刑事诉讼法》及相关司法解释的规定，对于特定类型的公诉案件（如因民间纠纷引起的故意伤害致人轻伤等），如果犯罪嫌疑人真诚悔罪并积极赔偿被害人，双方达成和解协议，检察机关可以作出不起诉决定，这相当于实现了撤案的效果。然而，对于其他犯罪情节较重的案件，即使达成和解，也不能直接撤案，但和解可以作为对被告人从宽处理的一个考虑因素。
   • 例子：若甲因乙故意伤害致其轻伤而报警，后双方达成和解协议，甲表示谅解乙并请求检察机关不起诉。检察机关审查后认为符合不起诉条件，遂作出不起诉决定，案件终结。但若甲因乙故意伤害致其重伤而报警，即使双方达成和解协议，检察机关也可能提起公诉，但和解协议可作为量刑时的从宽情节。

二、和解协议的内容与效力

• 合法性：和解协议必须真实、合法、有效，且不得损害国家利益、社会公共利益及他人合法权益。否则，和解协议可能被认定为无效，撤案申请也可能被法院驳回。
• 内容要求：和解协议应明确双方的权利义务，包括赔偿金额、赔偿方式、赔偿期限等。同时，和解协议应体现犯罪嫌疑人的真诚悔罪态度，以及被害人对犯罪嫌疑人的谅解。

三、实际操作中的注意事项

1. 撤案程序：撤案的程序可能因地区、案件性质等因素而有所不同。在实际操作中，建议根据具体情况向检察机关或法院咨询撤案的具体流程和要求。
2. 法律后果：撤案并不意味着犯罪嫌疑人或被告没有违法或犯罪，而是基于双方和解以及法律规定的其他因素，决定不再追究其法律责任。因此，撤案后当事人仍应遵守法律规定，不得再次违法或犯罪。
3. 专业指导：由于撤案与否取决于案件的具体性质和法律规定，且涉及复杂的法律程序和证据要求，建议在实际操作中寻求专业律师的指导，以确保和解协议的合法性和有效性，以及撤案申请的顺利推进。

总结来说，双方约定和解后刑事案件撤案的和解协议是否有效，需根据案件性质、相关法律规定以及和解协议的内容来判断。在处理此类问题时，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和指导。