农村承包的土地被征用后，农户的土地证原则上应当收回，但具体处理方式需结合实际情况和地方政策确定。以下从不同角度为你详细分析：

1. 法律层面依据
   根据《中华人民共和国农村土地承包法》第二十四条及《土地管理法》第四十七条规定，国家征收承包地需依法给予补偿，并办理土地权属变更登记。土地证作为权属证明文件，在土地性质变更（如集体所有转为国家所有）后，原证件的法律效力终止，通常需由发证机关（县级人民政府）收回并注销。若未及时收回，可能引发权属争议或重复补偿风险。

2. 实际操作中的例外情形

   • 部分征用情况：若仅征用承包地中的部分面积，发证机关可能通过换发新证（标注剩余面积）或出具权属变更证明的方式处理，而非直接收回原证。
     
   • 地方政策差异：部分地区为简化流程，可能要求农户自行交回土地证，或通过公告形式宣布原证作废，具体需以当地自然资源部门的规定为准。
     
   • 历史遗留问题：对于早期发放的旧版土地证（如未载明四至范围或面积误差），可能需先完成权属确认程序后再决定是否收回。

3. 农户需注意的关键事项

   • 补偿协议与证件交接：签订征地补偿协议时，应明确约定土地证的处理方式（如收回、换发或作废声明），避免后续纠纷。
     
   • 保留证据意识：即使土地证被收回，也应留存复印件或拍照存档，并要求发证机关出具收件回执，作为曾持有权属证明的依据。
     
   • 异议处理途径：若对征地合法性或补偿标准有争议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，但此期间不影响土地证按程序处理。

建议：若遇到土地证未被收回或对处理方式有疑问，可携带土地证原件、征地协议等材料，向当地乡镇政府或县级自然资源部门咨询具体流程。如有其他法律问题，欢迎直接向我提问。