针对违法建筑已在营业的情况，应当函告以下相关部门进行处理：
城市规划部门：
- 理由：违法建筑通常违反了城市规划的相关规定，城市规划部门负责城市规划的制定、实施和监督，对违法建筑有直接的查处权力。
- 行动建议：向城市规划部门提交书面报告，详细说明违法建筑的位置、规模、用途及营业情况，请求其依法进行查处。
城市管理综合执法部门：
- 理由：在城市管理领域，综合执法部门通常负责查处各类违法建设行为，包括违法建筑。
- 行动建议：向城市管理综合执法部门报告违法建筑情况，提供相关证据，如照片、视频等，请求其依法进行拆除或采取其他处罚措施。
工商行政管理部门：
- 理由：违法建筑若已营业，可能涉及无照经营或超出经营范围经营等违法行为，工商行政管理部门负责市场监管和行政执法，有权对这类行为进行查处。
- 行动建议：向工商行政管理部门报告违法建筑的营业情况，提供相关证据，请求其依法对经营行为进行查处，如责令停业、罚款等。
消防部门：
- 理由：违法建筑可能存在消防安全隐患，如消防通道不畅、消防设施缺失等，消防部门负责消防安全的监督和管理。
- 行动建议：向消防部门报告违法建筑的消防安全隐患情况，请求其依法进行消防安全检查，并采取相应的整改措施。
税务部门：
- 理由：违法建筑若已营业，可能涉及偷税漏税等违法行为，税务部门负责税收的征收和管理。
- 行动建议：在掌握相关证据的情况下，可以向税务部门报告违法建筑的营业情况，请求其依法进行税务稽查，并追缴应纳税款。
在函告相关部门时，需要注意以下几点：
- 提供详细信息：在函告中，应详细说明违法建筑的具体位置、规模、用途、营业情况以及存在的违法行为等，以便相关部门能够准确了解情况并采取相应措施。
- 保留证据：在函告前，应收集并保留好相关证据，如照片、视频、证人证言等，以便在需要时提供给相关部门进行核查。
- 合法合规：在函告过程中，应遵守法律法规，不得采取违法手段或行为，如捏造事实、诬告陷害等。
若相关部门未及时处理或处理不当，可以考虑采取以下措施：
- 向上级部门反映：若下级部门未及时处理或处理不当，可以向其上级部门反映情况，请求上级部门督促下级部门依法履行职责。
- 提起行政诉讼：若认为相关部门的行政行为侵犯了自己的合法权益，可以依法向人民法院提起行政诉讼，请求法院判决相关部门依法履行职责或撤销其不当行政行为。
最后需要强调的是，违法建筑不仅违反了城市规划和管理规定，还可能存在安全隐患和消防问题等，对公共安全和社会秩序构成威胁。因此，一旦发现违法建筑已在营业，应及时向相关部门报告并请求其依法进行处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。