在交通事故案件中，若驾驶员被认定负次要责任，公安机关扣留驾驶证的规定主要依据《道路交通安全法》及相关实施条例，具体分析如下：

1. 扣留驾驶证的法定情形
   根据《道路交通安全法》第72条及第110条，公安机关交通管理部门在交通事故调查期间，可因以下情形扣留驾驶证：

   • 驾驶员涉嫌饮酒、醉酒驾驶；
     
   • 驾驶员存在无证驾驶、驾驶证过期或被吊销等违法情形；
     
   • 交通事故涉及严重违法行为（如超速、逃逸等），需进一步调查取证。
     若驾驶员仅负次要责任且无上述违法情形，公安机关通常无权扣留驾驶证。

2. 扣留驾驶证的程序要求

   • 扣留依据：需出具《公安交通管理行政强制措施凭证》，明确扣留原因及法律依据；
     
   • 扣留期限：一般不超过30日，特殊情况经批准可延长至60日（《道路交通安全违法行为处理程序规定》第29条）；
     
   • 返还条件：调查结束后，若驾驶证无违法情形或已接受处罚，应立即返还（《道路交通安全法》第110条）。

3. 驾驶员负次要责任时的特殊情形

   • 若次要责任涉及轻微违法（如未保持安全距离），但未达到扣留标准，公安机关不得扣留驾驶证；
     
   • 若次要责任与严重违法并存（如次要责任但存在酒驾），则可能被扣留驾驶证，并面临行政处罚或刑事责任。

建议：

• 若驾驶证被扣留，可要求公安机关出具书面凭证，并核实扣留理由是否符合法定情形；
  
• 对扣留决定有异议的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

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