行政协议追回费用确实存在时间限制，这一限制主要体现在诉讼时效方面。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这一规定同样适用于行政协议中追回费用的情形。也就是说，如果一方认为行政协议中的费用应当被追回，那么它需要在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内提起诉讼或采取其他法律措施。
二、诉讼时效的起算点
诉讼时效的起算点通常是从权利人知道或应当知道其权利受到损害之日起计算。在行政协议中，这可能涉及到协议履行过程中的某个具体事件或行为，如对方未按照协议约定支付费用、费用计算错误等。一旦权利人意识到这些问题，并且这些问题导致了其费用的损失，那么诉讼时效就开始计算。
三、诉讼时效的中断与延长
诉讼时效的中断：在诉讼时效期间内，如果因法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等）导致诉讼时效中断，那么从中断时起，诉讼时效期间将重新计算。
诉讼时效的延长：在特殊情况下，如果权利人因不可抗力或其他正当理由不能在诉讼时效期间内提起诉讼，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效期间。但这种情况较为特殊，需要权利人提供充分的证据来证明其无法在诉讼时效期间内提起诉讼的原因。
四、行政协议追回费用的特殊考虑
在行政协议中，由于涉及到公共利益和行政权力的行使，因此追回费用的诉讼时效问题可能更加复杂。例如，如果行政协议的履行涉及到公共资金的支出或管理，那么追回费用的诉讼时效可能会受到更严格的限制或监督。此外，如果行政协议的履行过程中存在违法行为或不当行为，那么权利人可能还需要考虑通过行政复议或行政诉讼等途径来维护自己的权益。
五、法律建议
及时主张权利：一旦发现行政协议中的费用存在问题或应当被追回，权利人应及时采取法律措施来主张自己的权利，避免超过诉讼时效期间。
保留证据：在主张权利的过程中，权利人应保留好相关证据，如协议文本、支付记录、沟通记录等，以便在诉讼或仲裁过程中证明自己的主张。
咨询专业律师：由于行政协议追回费用的诉讼时效问题可能涉及复杂的法律关系和法律规定，因此权利人在处理此类问题时最好咨询专业律师的意见和建议。
如果您在行政协议追回费用方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。