在犯罪嫌疑人不交代主谋的情况下，司法机关会依据法律程序和证据规则来处理案件，核心处理方式包括继续深入调查取证、综合运用其他证据定案，以及在特定情况下对犯罪嫌疑人采取相应的法律措施。以下是具体分析：

1. 继续深入调查取证

   • 司法机关不会仅仅依赖犯罪嫌疑人的口供来定案。当犯罪嫌疑人不交代主谋时，警方和检察机关会继续深入调查，收集其他相关证据。这些证据可能包括物证、书证、证人证言、视听资料、电子数据等。
   • 通过现场勘查、技术鉴定、询问其他涉案人员或知情人等方式，司法机关可以逐步拼凑出案件的全貌，包括主谋的身份、行为以及与犯罪嫌疑人的关系等。

2. 综合运用其他证据定案

   • 根据我国刑事诉讼法的规定，只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
   • 这意味着，即使犯罪嫌疑人不交代主谋，只要司法机关收集到的其他证据足够确实、充分，能够形成完整的证据链，就可以对犯罪嫌疑人进行定罪量刑。

3. 对犯罪嫌疑人采取相应的法律措施

   • 如果犯罪嫌疑人拒不交代主谋，且其行为构成犯罪，司法机关将依法对其提起公诉，并由法院进行审判。
   • 在审判过程中，法院将根据证据情况，对犯罪嫌疑人的罪行进行认定，并依法作出判决。如果犯罪嫌疑人被认定有罪，将面临相应的刑罚。
   • 此外，如果犯罪嫌疑人的拒不交代行为构成妨碍作证罪等其他犯罪，司法机关还将依法对其进行数罪并罚。

4. 考虑犯罪嫌疑人的立功表现

   • 在某些情况下，如果犯罪嫌疑人后来愿意交代主谋或提供其他重要线索，协助司法机关破案，这可能被视为立功表现。
   • 根据我国刑法的规定，立功表现可以作为量刑的情节之一，对犯罪嫌疑人从轻或减轻处罚。但这一前提是犯罪嫌疑人最终愿意配合司法机关的工作。