关于做工程是否需要收取备案费以及该费用是否合法的问题，结论如下：

1. 备案费是否收取取决于当地规定：

   • 在大多数地区，随着国家政策的调整和优化，特别是政府推进简政放权、放管结合、优化服务改革的深入，施工合同备案已不再收取费用。这一变化旨在降低企业负担，提升政务服务效率，为建筑市场的健康发展营造更佳的营商环境。
   • 然而，仍需注意的是，具体是否收费还需根据当地的实际规定来确定。部分地方可能因特殊的管理需求或政策导向，仍保留对特定类型合同或情形的收费。

2. 备案费收取的合法性分析：

   • 历史背景：在过去，部分地区为了对施工活动进行管理和监督，确保合同的合法性和有效性，会收取一定的合同备案费用。这些费用主要用于信息登记、档案保管等行政管理和服务成本。但随着国家政策的调整，这一做法在多数地区已被取消。
   • 现行法律：根据现行的法律法规，施工合同备案费已在我国大部分地区被取消。住房和城乡建设部也发布了相关通知，要求各地停止收取施工合同备案费，并对相关备案管理工作进行了调整和规范。因此，在大多数情况下，收取施工合同备案费是不合法的。

3. 建议与操作指南：

   • 咨询确认：为确保信息的准确性和时效性，建议在办理施工合同备案前，直接向当地建设行政主管部门或相关政务服务窗口进行咨询，以了解具体的收费规定和流程。
   • 查阅法规：同时，也可以查阅相关的法规和政策文件，如《住房和城乡建设部关于修改<房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法>的决定》等，以获取更详细的要求和程序。这有助于全面了解施工合同备案的相关规定，避免因信息不对称而导致的误解或延误。
   • 维权途径：如遇违规收取施工合同备案费的情况，企业应积极向相关部门（如建设行政主管部门、工商局等）反映和投诉，以维护自身合法权益。同时，也可以寻求法律援助或直接向我咨询以获取更具体的法律建议和支持。

总结来说，做工程是否需要收取备案费以及该费用是否合法，主要取决于当地的具体规定和政策。在大多数情况下，随着国家政策的优化和调整，施工合同备案已不再收费，且收取该费用在多数地区已不合法。然而，为确保操作的准确性和合规性，建议在实际办理过程中务必咨询当地相关部门并查阅相关法规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。