醉酒驾驶案件的起诉工作主要由检察机关，即人民检察院负责。以下是对这一问题的详细解析：
一、起诉主体与流程
起诉主体：
- 在醉酒驾驶案件中，若涉嫌刑事犯罪，如危险驾驶罪或交通肇事罪，将由人民检察院代表国家提起公诉。这是基于《中华人民共和国刑法》的相关规定，醉酒驾驶机动车构成危险驾驶罪；若发生重大事故，致人重伤、死亡或使公私财产遭受重大损失，则构成交通肇事罪。
起诉流程：
- 公安机关交通管理部门在初步调查后，若发现存在醉驾行为，会将案件移送至公安机关进行进一步侦查。
- 公安机关侦查终结后，会将案件及相关证据材料移送至有管辖权的人民检察院。
- 人民检察院接收到案件后，会对案件进行全面细致的审查。若认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，人民检察院会向法院提起公诉。
二、特殊情况说明
- 不起诉决定：虽然醉驾案件通常由检察机关起诉，但在某些特殊情况下，如犯罪情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，或者犯罪已过追诉时效期限等，人民检察院可以依法作出不起诉决定。这体现了法律对公正与效率的双重考量。
三、受害者如何维护自身权益
- 民事赔偿：在交通事故中，若对方酒驾导致损害，受害者（或法定代理人、继承人）作为原告可以起诉酒驾方及其保险公司，要求赔偿医疗费、误工费、死亡赔偿金等各项损失。
- 刑事处罚：对于酒驾行为涉嫌刑事犯罪的情况，受害者可以积极配合公安机关和检察机关的调查工作，提供相关证据，确保酒驾者受到应有的刑事处罚。
四、法律建议
- 及时报警：在发生交通事故后，若怀疑对方酒驾，应立即报警处理。这有助于公安机关及时介入调查，收集证据。
- 收集证据：受害者应积极收集与事故相关的证据，如交警出具的事故责任认定书、医院诊断证明、治疗费用收据等。这些证据在后续的民事赔偿和刑事处罚诉讼中将起到关键作用。
- 寻求专业帮助：若不熟悉法律程序和诉讼流程，建议寻求专业律师的帮助。律师能提供专业的法律建议和代理服务，协助受害者更好地维护合法权益。
综上所述，醉酒驾驶案件的起诉工作主要由检察机关负责。在处理此类案件时，公安机关、检察机关及人民法院等多个部门将紧密协作，确保案件得到公正、有效的处理。若您或您身边的人遇到此类问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。