农村1200个股民能否以特定程序选举理事会，需结合具体程序是否符合法律法规及章程规定来判断，以下分情况说明：

1. 若特定程序符合法律法规及章程规定
   根据《村民委员会组织法》及《农村集体经济组织法》（草案）等规定，农村集体经济组织（包括股民参与的合作社、经济联合社等）的理事会选举，需遵循民主选举原则，程序应公开、公平、公正。若“特定程序”满足以下条件，则合法有效：

   • 程序合法性：选举程序需符合《村民委员会组织法》中关于村民会议或村民代表会议的召集、表决规则，或符合集体经济组织章程中关于理事会选举的具体规定（如选举方式、候选人产生、投票规则等）。
     
   • 参与主体资格：1200个股民需均为集体经济组织成员，且具有选举权和被选举权（如未被剥夺政治权利、未违反组织章程等）。
     
   • 表决比例要求：若章程规定理事会选举需经全体成员一定比例（如过半数、三分之二以上）同意，则实际投票数需达到该比例。
     

2. 若特定程序存在以下情形，则可能无效

   • 程序违法：如未提前公告选举时间、地点，或未保障股民的知情权、参与权；选举过程中存在贿选、胁迫等违法行为。
     
   • 违反章程：若章程明确规定理事会选举需通过特定方式（如间接选举、分级表决），而实际程序未遵守。
     
   • 表决未达标：若实际投票数未达到章程规定的最低比例（如应到会人数过半，但实到人数不足）。
     

建议行动：

• 核查章程：首先查阅集体经济组织章程，确认理事会选举的具体程序要求（如选举方式、表决规则等）。
  
• 对照法律：将实际程序与《村民委员会组织法》《农村集体经济组织法》（草案）等法律法规对比，确保无冲突。
  
• 咨询确认：若对程序合法性存疑，可向当地农业农村部门或乡镇政府咨询，必要时申请行政指导或监督。
  

如有进一步细节（如章程具体条款、选举程序细节），可向我补充说明，我会结合实际情况提供更精准的分析。