结论：为防止对方在借款100万最后协商只还50万的情况下反悔起诉，你可以采取以下措施来确保协商结果的法律效力和可执行性：签订书面协议、进行公证、保留协商过程中的证据、在协议中约定违约责任。

详细分析与建议：

1. 签订书面协议：

   • 法律背景：根据《民法典》的相关规定，民事法律行为可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。然而，在涉及大额金钱往来的情况下，书面协议具有更强的证明力，能够更清晰地反映双方的真实意愿和协商结果。
   • 建议：与对方签订一份详细的书面协议，明确约定借款金额、已还款金额、剩余还款金额、还款期限、还款方式以及违约责任等条款。这样，一旦对方反悔起诉，你可以凭借书面协议作为证据来维护自己的权益。

2. 进行公证：

   • 法律背景：公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。经过公证的协议具有更强的法律效力，法院在审理案件时通常会给予更高的认可度。
   • 建议：如果条件允许，你可以与对方一起到公证机构对书面协议进行公证。这样，即使对方反悔起诉，你也可以凭借公证文书来证明协议的真实性和合法性。

3. 保留协商过程中的证据：

   • 法律背景：在协商过程中，双方可能会通过电话、短信、微信等方式进行沟通。这些沟通记录可以作为证明双方协商结果的辅助证据。
   • 建议：在协商过程中，注意保留所有相关的沟通记录，包括电话录音、短信截图、微信聊天记录等。这些证据可以在必要时用来证明双方的真实意愿和协商过程。

4. 在协议中约定违约责任：

   • 法律背景：违约责任是协议中不可或缺的一部分，它规定了如果一方违反协议约定应承担的法律后果。通过约定违约责任，可以增加对方违约的成本，从而降低对方反悔起诉的风险。
   • 建议：在书面协议中明确约定违约责任，包括违约金数额、赔偿损失的范围等。这样，如果对方反悔起诉并违反协议约定，你可以要求对方承担相应的违约责任。

额外提醒：

• 在整个过程中，务必保持冷静和理性，避免与对方发生不必要的争执或冲突。
• 如果对方反悔起诉，及时咨询专业律师（即我本人，贾永庆律师，专注于经济纠纷、债权债务领域），了解自己的法律权益和应对策略。
• 在处理此类纠纷时，务必遵守法律法规和道德规范，不得采取任何违法或不当手段来维护自己的权益。