工程退税款项在民事案子中的处理取决于退税款项的性质以及案件的具体情况。以下从不同角度进行分析：
退税款项与民事案件的直接关联性
- 如果工程退税款项是因特定民事合同（如建设工程施工合同）的履行而产生的，且该款项的归属、分配或支付等事项在合同中有明确约定，那么该退税款项很可能成为民事案件中的争议焦点。例如，合同双方可能就退税款项的归属产生争议，一方主张应归其所有，而另一方则主张应按合同约定分配。
- 在这种情况下，法院会根据合同的约定以及相关法律法规，对退税款项的归属、分配或支付等事项进行裁决。
退税款项作为民事案件中的证据或事实
- 退税款项本身可能不直接构成民事案件的争议焦点，但它可能作为案件中的证据或事实，对案件的裁决产生影响。例如，在涉及工程款支付的民事案件中，退税款项可能作为证明工程款支付情况或工程成本构成的证据之一。
- 法院在审理案件时，会综合考虑退税款项在内的各种证据和事实，以作出公正、合理的裁决。
退税款项与民事案件中的其他法律关系
- 退税款项还可能与其他法律关系产生关联，如税收法律关系、行政法律关系等。如果退税款项的争议涉及这些法律关系，那么民事案件的处理可能会受到这些法律关系的影响。
- 例如，如果退税款项的争议涉及税收违法行为的认定和处理，那么税务机关可能会介入调查和处理，而民事案件的裁决也可能需要等待税务机关的处理结果。
法律建议：
- 在处理涉及工程退税款项的民事案件时，建议当事人首先仔细审查合同条款，明确退税款项的归属、分配或支付等事项。
- 如果合同中没有明确约定或约定不明确，建议当事人及时咨询专业律师，了解相关法律法规和司法实践，以便更好地维护自己的合法权益。
- 同时，当事人也应注意保留与退税款项相关的证据和资料，如退税申请、审批文件、支付凭证等，以便在民事案件中提供有力的证据支持。
可能法律后果：
- 如果当事人因退税款项的争议而提起民事诉讼，法院将根据合同的约定、相关法律法规以及案件的具体情况，对退税款项的归属、分配或支付等事项进行裁决。
- 如果当事人不服法院的裁决，可以依法提起上诉或申请再审等法律程序，以维护自己的合法权益。但需要注意的是，法律程序可能耗时较长且成本较高，因此当事人在提起诉讼前应充分评估风险和成本。