针对您提出的“股东换发新身份证（这里特指从内地居民身份变为香港或澳门永久居民身份）后如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
当公司的股东从内地居民身份变为香港或澳门永久居民身份时，需要进行一系列的工商变更登记手续。以下是具体的办理流程和所需材料：
一、办理流程
预约办理：
- 您需要预约到公司注册地所在的区级政务服务中心（如南山区级政务服务中心）递交相关材料。
递交材料：
- 在预约的时间，携带所有必要的材料前往政务服务中心进行递交。
二、所需材料
企业变更(备案)登记申请书：
- 这是申请变更登记的基本表格，需要详细填写公司的相关信息以及变更的具体内容。
经办人身份证明：
- 提供经办人的有效身份证件，以证明其身份和办理权限。
股东变更后的身份证明文件：
- 提供股东新获得的香港或澳门永久居民身份证或其他有效身份证明文件。
公司关于变更事项的决议或决定：
- 这是公司内部对股东身份变更的正式决定，需要由公司股东会或董事会（根据公司章程规定）通过并出具。
股东身份变更的证明文件：
- 这是关键材料，需要证明股东确实从内地居民身份变为了香港或澳门永久居民身份。
- 变更证明文件应同时注明取得香港/澳门永居身份的时间，且该时间应晚于股东取得投资人资格的时间。
- 文件需要依法经当地公证机构公证，并经司法部专门机构转递，以确保其真实性和合法性。
三、特殊情况处理
- 如果该人员仅担任公司法定代表人或其他高级管理人员，而不具备公司股东身份，且其个人身份从内地居民变更为香港或澳门居民后无法提供身份变更相关证明文件的，公司可以通过依法召开股东会（或董事会，根据公司章程规定）出具法定代表人（或相关高管）任免文件，以重新任免的方式办理工商变更登记，而无需提交该人员的身份变更相关证明文件。
四、注意事项
- 在办理过程中，请确保所有材料的真实性和完整性，以避免因材料问题导致的办理延误或失败。
- 如果您对办理流程或所需材料有任何疑问，建议提前咨询当地政务服务中心或专业律师，以确保办理的顺利进行。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。