美容美发店去扁平疣是否合法，需分情况讨论：
若美容美发店具备医疗美容资质：
- 合法性分析：扁平疣的治疗通常属于医疗美容范畴，涉及皮肤疾病的治疗。若美容美发店已取得《医疗机构执业许可证》，且从业人员具备相应的医疗资质（如医师资格证、医疗美容主诊医师资格证等），并按照医疗规范进行操作，那么其提供扁平疣治疗服务是合法的。
- 法律依据：根据《医疗美容服务管理办法》等相关规定，医疗美容机构必须依法取得执业许可，并按照核准的医疗美容项目开展服务。从业人员也需具备相应的专业资质。
若美容美发店不具备医疗美容资质：
- 非法性分析：若美容美发店未取得《医疗机构执业许可证》，或从业人员不具备医疗资质，却擅自提供扁平疣治疗服务，则属于非法行医行为。这种行为不仅违反了相关法律法规，还可能对消费者的健康造成严重危害。
- 法律后果：根据《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》等相关规定，非法行医者可能面临罚款、没收违法所得、责令停业整顿等行政处罚；情节严重的，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
额外建议与风险提示：
- 消费者选择：消费者在选择美容美发店进行扁平疣治疗时，应仔细核查其资质和从业人员资格，确保服务合法且安全。
- 风险防范：非法行医行为往往缺乏必要的医疗设备和消毒措施，容易引发感染、疤痕等并发症。因此，消费者应坚决抵制非法行医行为，保护自身健康权益。
- 维权途径：若消费者在美容美发店接受扁平疣治疗服务后出现不良反应或纠纷，可及时向当地卫生健康行政部门投诉举报，或通过法律途径维护自身权益。
总结：美容美发店去扁平疣是否合法，关键在于其是否具备医疗美容资质和从业人员是否具备相应资格。消费者在选择服务时应谨慎核查资质，确保自身健康安全。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。