关于“调解协议专用章由谁保管”的问题，这通常取决于具体的组织规定和实际操作流程。一般来说，调解协议专用章作为重要的法律文件盖章工具，其保管和使用都会受到严格的规范。

1. 一般情况：在多数机构或组织中，调解协议专用章通常由专门的法务部门或负责调解工作的部门保管。这些部门会设立专门的印章管理岗位，确保印章的安全、合规使用。具体来说，可能是由部门负责人、法务专员或指定的行政人员负责保管。

2. 特殊情况：在某些特定情况下，如调解机构较小或人员配置有限，调解协议专用章可能由机构的主要负责人或直接参与调解工作的人员亲自保管。但无论哪种情况，都应有明确的保管和使用制度，确保印章不被滥用。

3. 保管要求：无论由谁保管，调解协议专用章的保管都应遵循一定的要求。例如，应存放在安全、保密的地方，避免遗失或被盗用；使用时应有明确的登记和审批流程，确保每次使用都有据可查；保管人员应具备一定的法律意识和职业素养，确保印章的合规使用。

综上所述，调解协议专用章的保管具体由谁负责，需要根据所在机构或组织的实际情况来确定。但无论如何，都应确保印章的安全、合规使用，以维护调解协议的法律效力和公信力。如果您对此有更多疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。