面对农村以前的流水沟被邻居占用且不让流水的情况，您可以按照以下清晰、详细的步骤来处理，以确保您的合法权益得到有效维护：

一、优先尝试和平协商

1. 直接沟通：

   • 首先，以平和、理性的态度与邻居进行面对面交流，了解他们占用流水沟的具体原因。
   • 向邻居解释流水沟对于您及周边农田排水的重要性，以及不当占用可能带来的后果，如农田积水、作物受损等。
   • 尝试提出双方都能接受的解决方案，如共同清理流水沟、调整排水路线等。

2. 邀请中间人调解：

   • 如果直接沟通无果，可以邀请双方都信任的中间人，如家族长辈、村里德高望重者或村干部，介入调解。
   • 中间人可以凭借其威望和公正性，帮助双方找到合理的排水方案，并促使邻居改正不当行为。

二、寻求基层组织帮助

1. 向村委会求助：

   • 如果协商不成，您可以向村委会提出申请，请求其依据村规民约和相关土地管理规定进行调查。
   • 村委会可以安排人员实地查看流水沟情况，并给出处理意见，督促邻居改正不当行为，恢复流水沟的畅通。

2. 向乡镇政府相关部门反映：

   • 若村委会调解无效，您可以向乡镇的自然资源、水利等部门反映情况。
   • 这些部门将依法调查核实，并可能责令邻居停止阻碍排水的违法行为，确保流水沟的畅通无阻。

三、考虑法律手段维权

1. 发送律师函：

   • 在行政途径未能解决问题的情况下，您可以考虑委托律师发送律师函。
   • 律师函将明确指出邻居行为的违法性及可能面临的法律后果，以期通过法律威慑促使其改正错误。

2. 提起民事诉讼：

   • 如果律师函仍未能奏效，您可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。
   • 在起诉前，您需要收集充分证据，如流水沟被占用的照片、视频、村委会或乡镇部门的调解记录等，以证明您的合法排水权益受到侵害。
   • 诉讼请求应明确排除妨碍、赔偿损失等具体内容，并附上详细的事实与理由说明。

四、注意事项

• 保持冷静理性：在整个处理过程中，务必保持冷静和理性，避免与邻居发生争执或冲突。
• 咨询专业律师：在采取法律行动前，建议咨询专业律师以确保您的行动合法合规，并了解可能的法律后果。
• 及时跟进处理进展：无论选择哪种方式维权，都应及时跟进处理进展，确保您的权益得到有效维护。

综上所述，面对农村流水沟被邻居占用且不让流水的情况，您应优先尝试和平协商，寻求基层组织帮助，并在必要时考虑法律手段维权。在整个过程中，保持冷静理性，注重证据的收集和保存，以确保您的合法权益得到有效维护。