结论：在农村房屋拆迁中，若已签订补偿协议，原则上不能再针对同一房屋作出补偿决定，但存在例外情形。 以下分情况详细说明：
正常签订补偿协议且无争议的情况
- 协议效力优先：当拆迁方与被拆迁方就农村房屋拆迁补偿事宜，在平等、自愿、协商一致的基础上签订了合法有效的补偿协议后，该协议对双方均具有法律约束力。双方应当按照协议的约定履行各自的义务，比如拆迁方按时足额支付补偿款，被拆迁方按时腾退房屋等。在这种情况下，拆迁方不能再就同一房屋作出补偿决定。因为补偿决定通常是在双方无法就补偿事宜达成协议时，由拆迁方依据相关法律法规和政策作出的具有强制性的行政决定。既然已经签订了协议，就意味着双方已经就补偿问题达成了一致，无需再通过补偿决定来解决。
- 法律依据：根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条规定，房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。虽然该条例主要针对国有土地上房屋征收，但农村房屋拆迁补偿在原则和精神上与之有相通之处，都强调协议的约束力和排他性。
补偿协议存在无效或可撤销情形的情况
- 协议无效：如果签订的补偿协议存在法定无效情形，例如一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；以合法形式掩盖非法目的；损害社会公共利益；违反法律、行政法规的强制性规定等。在这种情况下，补偿协议自始无效，不具有法律效力。拆迁方可以重新就补偿事宜与被拆迁方进行协商，若协商不成，拆迁方有权依据相关法律法规和政策作出补偿决定。
- 协议可撤销：若补偿协议存在可撤销的情形，比如因重大误解订立的；在订立合同时显失公平的；一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。在协议被撤销前，仍然具有法律效力，拆迁方不能擅自作出补偿决定。若协议被撤销后，双方就补偿问题无法达成新的协议，拆迁方可以作出补偿决定。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百四十三条至第一百五十五条对民事法律行为的效力、无效民事法律行为、可撤销的民事法律行为等作出了明确规定。农村房屋拆迁补偿协议本质上属于民事合同范畴，适用民法典中关于合同效力的相关规定。
特殊情况下的处理
- 协议部分履行或未履行：如果补偿协议签订后，双方只是部分履行了协议义务，或者由于某些特殊原因导致协议无法继续履行，例如拆迁方未能按照协议约定支付补偿款，被拆迁方拒绝腾退房屋等。在这种情况下，双方应当首先通过协商解决争议，尝试继续履行协议或者变更协议内容。如果协商不成，拆迁方不能直接作出补偿决定，而应当通过法律途径，如提起诉讼或申请仲裁，来解决争议，确定双方的权利义务关系。
- 政策调整或不可抗力：在极少数情况下，如果由于国家政策发生重大调整或者遭遇不可抗力等特殊情况，导致原补偿协议无法按照约定履行，且双方无法就新的补偿方案达成一致意见。拆迁方可以根据新的政策和实际情况，在符合法律法规的前提下，作出补偿决定，但应当充分保障被拆迁方的合法权益，给予合理的补偿。
建议：如果您遇到了农村房屋拆迁补偿协议已签又面临补偿决定的情况，首先要仔细审查补偿协议的效力，看是否存在无效或可撤销的情形。同时，收集相关证据，如协议文本、沟通记录、政策文件等，以便在需要时维护自己的合法权益。如果您对具体情况不太清楚或者不知道如何处理，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况为您提供详细的法律建议。