核心结论：若钱存进去但过了贷款扣款时间导致逾期，可尝试通过及时补存、主动联系贷款机构说明情况、保留相关证据等方式来消除逾期影响，具体能否消除以及消除的方式和程度需根据贷款机构规定和实际情况确定。以下是详细分析：

1. 及时补存并等待再次扣款
   • 有些贷款机构在扣款日当天可能会进行多次扣款尝试，或者会在后续的特定时间再次发起扣款。所以，在发现错过扣款时间后，应第一时间将足够的款项存入还款账户，并密切关注账户动态，看是否会进行再次扣款。如果成功扣款，虽然已经产生了逾期记录，但及时还款可以避免逾期情况的进一步恶化，后续可与贷款机构沟通说明情况，看能否减轻逾期带来的不良影响。
   • 例如，某些银行贷款在扣款日当天上午扣款失败后，下午可能会再次尝试扣款；一些网络贷款平台也可能在次日进行补扣。
2. 主动联系贷款机构说明情况
   • 沟通逾期原因：尽快与贷款机构的客服或相关负责人取得联系，诚恳地说明资金存入延迟的原因，如因银行系统故障、个人疏忽等导致未能及时在扣款前存入款项。同时，强调自己并非恶意逾期，且有足够的还款能力和意愿。
   • 申请消除逾期记录：向贷款机构提出申请，请求其不要将此次逾期记录上报至征信机构，或者对已上报的逾期记录进行修改或删除。有些贷款机构在核实情况后，可能会根据客户的信用状况和还款历史，酌情处理逾期记录。
   • 协商还款安排：与贷款机构协商制定新的还款计划，如延长还款期限、分期还款等，以减轻当前的还款压力，并表明自己会严格按照新的还款计划履行还款义务。这样可以展示你的还款诚意，增加贷款机构对你消除逾期影响的认可度。
   • 例如：你可以这样与贷款机构沟通：“您好，我是[姓名]，我的贷款账号是[具体账号]。由于[具体原因，如银行系统维护导致转账延迟]，我没能在扣款前及时将款项存入账户，导致出现了逾期。但我并不是故意逾期的，我现在已经将足够的款项存入了账户，并且会按时还款。希望贵机构能够考虑我的实际情况，不要将此次逾期记录上报征信，或者帮我修改一下逾期记录。同时，我也想和贵机构协商一下，能否调整一下还款计划，让我能够更合理地安排还款。”
3. 保留相关证据
   • 在与贷款机构沟通和处理逾期问题的过程中，要注意保留相关的证据，如转账凭证、与贷款机构的沟通记录（通话录音、聊天记录等）。这些证据可以在后续需要证明自己并非恶意逾期或与贷款机构产生纠纷时发挥重要作用。
   • 例如：如果你是因为银行系统故障导致转账延迟，可以保留银行出具的系统故障证明或相关通知；如果是通过第三方支付平台转账，可以保留转账截图和交易记录。在与贷款机构沟通时，尽量通过书面形式（如邮件、短信）进行交流，以便留存证据。
4. 关注征信记录
   • 即使与贷款机构沟通后，逾期记录可能无法立即消除，也要关注自己的征信记录。可以在规定的时间内（一般为逾期发生后的一段时间，具体根据贷款机构和征信机构的规定而定）向征信机构查询自己的信用报告，确认逾期记录是否准确无误。如果发现逾期记录有误，可以向征信机构提出异议申请，要求其进行更正。
   • 例如：根据《征信业管理条例》规定，信息主体认为征信机构采集、保存、提供的信息存在错误、遗漏的，有权向征信机构或者信息提供者提出异议，要求更正。征信机构或者信息提供者收到异议，应当按照国务院征信业监督管理部门的规定对相关信息作出存在异议的标注，自收到异议之日起20日内进行核查和处理，并将结果书面答复异议人。