跨乡镇土地违法一般由县级以上人民政府自然资源主管部门来处理。

具体来说，根据相关法律法规，如《中华人民共和国土地管理法》等，土地违法行为的查处工作通常由县级以上人民政府自然资源主管部门负责。这些部门有专门的执法监察机构，负责受理、立案、调查和处理土地违法案件。

在处理跨乡镇土地违法案件时，一般会遵循以下程序：

1. 案件受理：由监察大队统一受理直接查处的国土资源违法案件。如果有关乡镇在工作中发现国土资源违法问题，需要立案查处的，会移交监察大队处理。
2. 立案：监察大队对受理的案件进行初步审查，认为符合立案条件的，会填写《违法案件立案呈批表》报局领导审批。不符合立案条件的，则由执法监察大队移交镇所处理。
3. 案件调查：经批准立案的案件，执法监察大队会指派案件承办人进行调查取证工作，并在案件调查结束后完成《案件调查报告》。
4. 案件会审：案件调查报告经过审议通过后，会报局分管领导组织有关科室进行会审，并根据会审意见提出案件处理意见。
5. 案件处理意见的落实：根据会审意见，执法监察大队会负责案件处理意见的落实，包括送达行政处罚决定书、移交有权机关处理行政处分建议、移送公安机关或司法机关处理涉嫌犯罪案件等。

整个处理过程都遵循严格的法律程序，确保公正、公平地处理土地违法案件。如果你遇到了具体的跨乡镇土地违法问题，可以详细向我说明情况，我会根据你的具体情况给出更具体的法律建议。