关于摩托车合法改装及备案的问题，这是一个涉及道路交通安全法规的重要话题。以下是我为您提供的详细解答：
一、摩托车合法改装的范围
根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，摩托车的改装必须在不改变车辆原有结构、构造和特征的前提下进行，且需确保改装后的车辆仍符合道路交通安全标准。具体来说，一些常见的、通常被认为是合法的改装包括：
刹车模块安装：如您提到的安装刹车模块，使捏刹车时左右转向灯闪烁1-2秒，这种改装通常被视为对车辆安全性能的提升，且未改变车辆原有结构，因此一般是合法的。但具体还需根据当地交通管理部门的规定来确定。
外观装饰性改装：如更换车身贴纸、改变车身颜色（需到车管所备案）、安装不影响车辆结构的装饰件等，这些改装通常也是合法的，但同样需确保不违反当地交通管理部门的规定。
性能提升性改装：在符合相关法规和标准的前提下，对发动机、排气系统等进行性能提升的改装，如更换高性能空气滤清器、排气筒等，也可能被视为合法。但这类改装需特别谨慎，因为过度改装可能影响车辆的安全性和环保性能。
二、需要避免的违法改装
改变车辆结构：如加装尾箱（根据贵州省公安厅的回复，摩托车加装尾箱是交通违法行为）、改变车辆框架结构等，这些改装会改变车辆的原有结构，影响车辆的安全性和稳定性，因此是违法的。
影响车辆性能：如私自改装发动机、变速器等核心部件，可能改变车辆的动力性能、制动性能等，从而危及道路交通安全，这类改装也是违法的。
违反环保标准：如改装排气系统以增大噪音、排放超标等，这类改装不仅违法，还会对环境造成污染。
三、改装后的备案流程
如果您的摩托车进行了合法改装，且需要备案，应按照以下流程进行：
准备相关材料：包括车辆行驶证、车主身份证明、改装前后的车辆照片等。
前往车管所：携带准备好的材料，前往您车辆登记地的车管所。
填写申请表：在车管所领取并填写机动车变更登记申请表。
提交申请并等待审核：将填写好的申请表和相关材料提交给车管所工作人员，等待审核。
领取新的行驶证：如果审核通过，车管所会为您发放新的行驶证，上面会注明车辆的改装情况。
特别提醒：并非所有改装都需要备案。根据《机动车登记规定》，只有特定类型的改装才需要备案，如更换发动机、车身或车架等。而像刹车模块安装、外观装饰性改装等通常不需要备案。但具体还需根据当地交通管理部门的规定来确定。
总之，摩托车改装必须在合法合规的前提下进行，且需确保改装后的车辆仍符合道路交通安全标准。如果您对改装有任何疑问或不确定，建议咨询当地交通管理部门或专业改装店以获取准确信息。