结论：用人单位以旷工三个月为由辞退员工是否有补偿，主要取决于单位的规章制度是否合法有效、员工旷工的事实及证据是否确凿、以及辞退程序是否合规。若上述条件均满足，则单位无需支付补偿；反之，则需支付经济补偿甚至赔偿金。以下是对此问题的详细分析：
一、无需支付补偿的情形
规章制度明确且合法：
- 用人单位的规章制度必须明确规定旷工属于严重违反规章制度的行为，并且该规章制度需经过民主程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定）并向劳动者公示（确保劳动者知悉其内容）。
- 若员工确实存在旷工行为，且事实清楚、证据确凿（如有效的考勤记录、请假未获批准的证据等），单位有权依据此规定合法解除劳动合同，无需支付经济补偿。
辞退程序合法：
- 在辞退过程中，用人单位需确保程序的合法性，包括提前通知工会（如有工会）、向员工送达解除劳动合同的通知等。若程序合法，进一步支持了辞退的合法性，单位无需支付补偿。
二、需支付补偿或赔偿金的情形
规章制度不合法或不明确：
- 制定程序不合法：若规章制度的制定未经过民主程序，或与法律法规相悖，该规章制度可能被认定为无效。单位以此为由辞退员工，构成违法解除劳动合同，需支付经济补偿。
- 内容不合法或不合理：如规章制度对旷工的界定过于严苛，与法律的公平合理原则相违背，也可能被认定为无效。此时，单位需支付经济补偿。
证据不足：
- 单位必须以充分的证据证明员工存在旷工行为。若无有效考勤记录、请假未获批准的证据等，辞退理由不成立，构成违法解除劳动合同，需支付经济补偿。
辞退程序违法：
- 若单位未按规定程序进行辞退，如未提前通知工会或未送达相关文件，同样构成违法解除劳动合同，需支付赔偿金。赔偿金标准为经济补偿标准的二倍。
员工有正当理由未出勤：
- 若员工旷工并非出于故意，而是因生病住院等有正当理由，并提供了相关证明，单位以此为由辞退员工是不合理的，需支付经济补偿或赔偿金。
三、经济补偿的计算标准
若单位需要支付经济补偿或赔偿金，其计算标准通常基于员工在本单位工作的年限：
- 经济补偿：每满一年支付一个月工资的标准向员工支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。其中，月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
- 赔偿金：赔偿金为经济补偿标准的二倍。
四、实际案例与司法实践
在多数司法实践中，因旷工被辞退的员工主张经济补偿金或赔偿金往往难以得到支持，但前提是单位的规章制度合法有效、旷工事实确凿且辞退程序合法。例如，某员工连续旷工多日，公司依据规章制度解除劳动合同，且规章制度经过民主程序制定并已公示，法院最终判决公司无需支付赔偿金。
五、建议与总结
- 对员工而言：若认为单位的辞退行为违法或不合理，可收集相关证据（如考勤记录、请假记录、规章制度等）并咨询专业律师，以维护自身合法权益。
- 对用人单位而言：应完善规章制度，确保其内容合法、程序合规，并在辞退员工前确保有充分证据证明员工存在旷工行为且辞退程序合法，以避免不必要的法律风险。
综上所述，用人单位以旷工三个月为由辞退员工是否有补偿，需综合考虑多个因素。在面对此类问题时，建议直接向我咨询，以确保自身合法权益得到妥善维护。