关于公司委托物流公司后发生的运费争议由谁承担的问题，这主要取决于双方签订的运输合同中的约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同约定优先：
- 在货物运输合同中，双方通常会就运费、支付方式、支付时间等关键条款进行明确约定。如果合同中明确规定了运费的承担方，那么一旦发生争议，应首先遵循合同约定。
- 示例：若合同中约定“运费由托运方（即公司）承担”，则无论运输过程中发生何种情况，运费均应由公司支付。
法律法规的补充作用：
- 如果合同中没有明确约定运费的承担方，或者约定不明确，那么就需要依据相关法律法规来确定。
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于运输合同的规定，托运人应当按照约定的方式支付运费。如果托运人未按照约定支付，承运人（即物流公司）有权要求托运人支付运费及逾期利息。
- 特殊情况：如果运输过程中因物流公司的过错导致货物损坏或丢失，且该过错与运费支付有关联（如因物流公司原因导致运输延误，公司因此拒绝支付额外运费），则可能需要根据具体情况来判断运费的承担方。
争议解决途径：
- 协商：双方应首先尝试通过友好协商来解决运费争议。协商过程中，可以依据合同约定和法律法规进行谈判，寻求双方都能接受的解决方案。
- 调解：如果协商无果，可以考虑寻求第三方调解机构的帮助。如人民调解委员会或物流与采购联合会等行业协会，它们可以提供专业的调解服务，帮助双方达成调解协议。
- 仲裁或诉讼：如果调解也无法解决争议，双方可以根据合同中的仲裁条款或选择向有管辖权的人民法院提起诉讼。仲裁具有专业性、保密性和一裁终局的特点；而诉讼则通过法院的审理来作出公正判决。
法律建议：
- 为了避免运费争议的发生，公司在委托物流公司前应仔细审查运输合同中的各项条款，特别是关于运费的约定。
- 在运输过程中，公司应保留好相关证据材料，如合同、运单、支付凭证等，以便在发生争议时能够提供有力的证据支持。
- 如果发生运费争议，公司应积极与物流公司沟通协商，寻求和解或调解的可能性。如果协商无果，再考虑通过仲裁或诉讼等法律途径来解决。
可能后果：
- 如果公司未按照合同约定支付运费，物流公司有权要求公司支付运费及逾期利息，甚至可能通过法律途径来追讨欠款。
- 如果运费争议导致双方关系恶化，可能会影响未来的合作机会。因此，建议双方在处理争议时保持冷静理性，寻求互利共赢的解决方案。
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