技术指导费超过5000元，需根据具体法律关系及合同约定处理，可能涉及税务合规、合同效力及费用调整等问题。以下分情况说明：

1. 税务合规层面
   根据《个人所得税法》及实施条例，技术指导费属于“劳务报酬所得”或“特许权使用费所得”（视具体服务性质而定）。若单次支付超过5000元，支付方需按20%-40%的预扣率代扣代缴个人所得税（具体税率根据收入额分级计算）。例如：

   • 若技术指导费为6000元，支付方应预扣个税：6000×(1-20%)×20%=960元（实际到手5040元）；
     
   • 若收入超过5万元，预扣率可能升至40%。
     建议：双方应在合同中明确费用性质（如是否含税），并由支付方履行代扣义务，避免税务风险。

2. 合同效力与费用调整

   • 若合同已明确约定技术指导费金额且未违反法律强制性规定（如低于成本价恶意竞争），即使超过5000元，合同仍有效，双方需按约定履行；
     
   • 若合同未约定费用或约定不明，可依据《民法典》第510条协商补充，或参考行业惯例、政府指导价确定合理费用；
     
   • 若一方认为费用显失公平（如因市场变化导致原约定过高/过低），可在知道撤销事由之日起1年内请求法院或仲裁机构变更或撤销合同。

3. 费用支付与违约责任

   • 若支付方未按约定支付费用，接收方可依据合同主张违约金或损失赔偿（如利息、维权成本等）；
     
   • 若接收方未提供符合约定的技术指导服务，支付方可要求减少费用、赔偿损失或解除合同。
     建议：双方在合同中明确服务标准、验收流程及违约责任，避免纠纷。

行动建议：

• 核对合同条款，确认费用性质、支付方式及违约责任；
  
• 保留服务过程证据（如邮件、聊天记录、签收单等），以备维权；
  
• 如涉及税务问题，可咨询当地税务机关或向我进一步提问。