串通投标罪的违法所得认定与处理是一个复杂且严谨的法律过程，以下是对此问题的全面分析：
一、违法所得的定义与范围
违法所得，指的是通过实施违法犯罪行为所获得的财物或利益，这些财物或利益是犯罪者不应享有的。在串通投标罪中，违法所得特指因投标人相互串通或与招标人串通而获取的不正当经济利益。这些利益可能包括：
- 直接经济收益：如中标项目后所获取的项目利润，特别是超出正常市场竞争条件下的利润部分；以及因串通投标而减少的原本应在正常竞争情况下支出的成本，如研发成本、管理成本等，转化为投标人的额外经济利益。
- 间接经济收益：如中标后与招标人或其他相关方进行的关联交易中获取的利益，与串通投标行为存在紧密因果关系；以及通过隐蔽方式进行利益输送，如能证明其与串通投标行为关联，也应计入违法所得。
二、违法所得的认定原则及考量因素
- 法定原则与实际获取原则：认定违法所得应严格依照法律、法规的规定，并以行为人实际获取的非法经济利益为基础进行。
- 排除合法经营所得：需准确区分投标人的合法经营所得与因串通投标获取的非法所得。在认定违法所得时，应扣除投标过程中的合理成本及履行合同所发生的必要费用。
- 关联性原则：违法所得应与串通投标行为具有直接的因果关系。对于因串通投标行为而间接获得的利益，如基于中标项目获得的后续相关业务机会所产生的额外收益，若能证明其与串通投标行为存在紧密关联，也应认定为违法所得。
三、违法所得的数额计算
在计算违法所得数额时，应扣除合理的成本支出和税费等必要费用，只计算因违法行为而多获得的部分。具体计算公式可以表示为：违法所得数额 = 实际获利 - 合理成本支出 - 税费等必要费用。其中，实际获利可以通过准确核算中标项目的收入与成本得出；若难以精确核算实际获利，可参考市场正常竞争情况下同类项目的平均利润水平来确定违法所得，超出部分经合理计算后的金额可认定为违法所得。
四、证据的收集与审查判断
认定违法所得需要充分的证据支持，包括但不限于：
- 财务证据：如财务账目、发票、合同、资金流水等，这些证据能够清晰反映项目的收入、支出情况，有助于准确认定违法所得。
- 证人证言和视听资料：参与串通投标的人员的证人证言，以及会议录音、录像等视听资料，能够提供关于串通投标行为的细节、决策过程等信息，辅助认定违法所得。
司法机关应对证据的真实性、关联性和合法性进行严格审查，确保认定违法所得的依据充分、准确。
五、法律责任追究
对于串通投标行为，将依法追究以下法律责任：
- 刑事责任：构成串通投标罪的，依法追究刑事责任，可能面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的处罚。
- 行政责任：尚不构成犯罪的串通投标行为，将依据《招标投标法》等相关法律法规进行行政处罚，如没收违法所得、罚款等。
- 民事责任：串通投标行为给他人造成损失的，依法承担赔偿责任。
总结与建议：
串通投标罪的违法所得认定与处理是一个综合性强、涉及多个法律知识点的复杂过程。为了确保准确认定违法所得并有效打击串通投标行为，建议相关当事人在面临此类问题时，及时收集并保存好相关证据材料，如财务账目、合同文本、交易记录等。同时，也可以寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。