合作企业将专项资金挪用的后果主要包括民事责任、行政责任，甚至可能涉及刑事责任，具体取决于挪用资金的性质、数额以及造成的后果等因素。以下从这几个方面为你详细分析：

民事责任

1. 违约责任：如果合作协议中明确规定了专项资金的使用范围和方式，合作企业挪用专项资金即构成违约。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违约方需要承担违约责任，包括但不限于赔偿守约方因此遭受的损失。例如，若因挪用资金导致项目进度延误，合作企业可能需要赔偿因此产生的额外费用或利润损失。

2. 返还资金及利息：合作企业挪用专项资金后，守约方有权要求其返还被挪用的资金，并可能要求支付资金占用期间的利息。利息的计算方式通常根据双方约定或法律规定确定，旨在补偿守约方因资金被占用而遭受的损失。

行政责任

1. 行政处罚：如果挪用专项资金的行为违反了相关行政法规或规章，合作企业可能面临行政处罚。行政处罚的种类和幅度取决于具体违法行为的性质和情节，可能包括罚款、没收违法所得、责令停业整顿等。例如，若挪用资金用于非法活动或违反了特定行业的管理规定，相关监管部门可能会对合作企业进行处罚。

2. 信誉受损：行政处罚不仅会对合作企业的经济利益造成直接影响，还可能损害其商业信誉和形象。在商业合作中，信誉是至关重要的资产，一旦受损，可能影响合作企业与其他方的合作关系和业务拓展。

刑事责任

1. 挪用资金罪：如果合作企业挪用专项资金的行为符合挪用资金罪的构成要件，即挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，可能构成挪用资金罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，犯挪用资金罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。

2. 其他相关犯罪：如果挪用资金的行为还涉及其他犯罪，如贪污罪、职务侵占罪等，合作企业及相关责任人员可能面临更严重的刑事处罚。这些犯罪的构成要件和刑罚幅度各不相同，需要根据具体情况进行判断。

建议：

• 加强合同管理：在合作协议中明确专项资金的使用范围、方式、监督机制以及违约责任等条款，确保双方对资金的使用有明确的约定和约束。
• 完善内部监督机制：合作企业应建立健全内部监督机制，对专项资金的使用进行定期审计和检查，确保资金按照约定用途使用。
• 及时采取法律措施：一旦发现合作企业挪用专项资金，守约方应及时采取法律措施，包括要求返还资金、赔偿损失、申请行政处罚或提起刑事诉讼等，以维护自身合法权益。

如果你有进一步的疑问或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的解答。