核心结论：针对车贷逾期减免协商协议书已签字但不出结清证明的情况，您可以通过以下途径解决：1. 与贷款机构协商补发；2. 通过书面催告留存证据；3. 向监管部门投诉或提起诉讼。以下为具体分析：

1. 与贷款机构协商补发结清证明

• 法律依据：根据《民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。您已签署减免协议并履行还款义务，贷款机构有义务出具结清证明。
• 操作建议：
  • 主动联系贷款机构客服或对接人，明确要求补发结清证明，并说明该证明对您后续办理车辆解押、信用修复等事项的必要性。
  • 若对方以“系统未更新”“流程需时间”等理由拖延，可要求对方提供书面说明（如邮件、短信），注明预计出具时间，作为后续维权证据。

2. 通过书面催告留存证据

• 法律依据：若贷款机构无正当理由拒绝出具结清证明，可能构成违约。根据《民法典》第五百七十七条，您有权要求其承担继续履行、赔偿损失等责任。
• 操作建议：
  • 发送书面《催告函》至贷款机构（建议通过EMS邮寄，留存邮寄凭证），明确要求其在指定期限内（如7个工作日）出具结清证明，并告知逾期将采取进一步法律措施。
  • 若对方仍不配合，可保留减免协议、还款凭证、沟通记录等证据，为后续投诉或诉讼做准备。

3. 向监管部门投诉或提起诉讼

• 投诉途径：
  • 向当地银保监会（或金融监管局）投诉，说明贷款机构未履行出具结清证明的义务，要求监管部门介入协调。
  • 通过12378银行保险消费者投诉维权热线或官方网站提交投诉材料。
• 诉讼途径：
  • 若投诉无果，可向法院提起民事诉讼，要求贷款机构履行出具结清证明的义务，并赔偿因拖延导致的损失（如车辆无法解押产生的额外费用）。
  • 诉讼中需提交减免协议、还款记录、催告函等证据，证明您已履行义务且对方违约。

补充建议

• 核实协议条款：检查减免协议中是否明确约定“贷款机构需在还款完成后X日内出具结清证明”。若有约定，可直接据此主张权利；若无约定，可结合行业惯例或交易习惯主张对方义务。
• 防范风险：在未取得结清证明前，暂勿办理车辆过户或抵押解除手续，避免因证明缺失导致手续受阻。

总结：您可通过协商、催告、投诉或诉讼等步骤逐步推进问题解决。若需进一步分析协议条款或协助起草法律文书，可直接向我咨询，我将结合具体证据为您提供针对性方案。