结论：在涉及劳动者权益核算时，平均工资是包含加班费来计算的。不过，统计部门在统计社会平均工资等宏观数据时，可能不包含加班费。以下是对这一问题的详细分析：

一、平均工资的计算与加班费的关系

平均工资作为一项反映工资总体水平的指标，其计算公式为：职工平均工资=报告期实际支付的全部职工工资总额/报告期全部职工平均人数。其中，“工资总额”包括计时工资、计件工资、奖金、津贴补贴、加班加点工资和特殊情况下支付的工资六个部分。因此，从定义上来看，平均工资是包含加班费的。

二、法律层面的规定

1. 《中华人民共和国劳动法》第四十四条明确规定，用人单位应当按照劳动者正常工作时间工资报酬的一定比例（150%、200%、300%）支付职工加班工资。这一条款直接确认了加班工资是劳动者工资收入的一部分。

2. 《关于工资总额组成的规定》第四条也明确指出，工资总额由上述六个部分组成，其中包括加班加点工资。这进一步从法律层面确认了平均工资包含加班费的事实。

3. 《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条规定，在计算经济补偿金、赔偿金、未休年休假工资报酬等劳动权益相关项目时，月平均工资是包含加班费的。这是因为加班费属于劳动者通过额外劳动所获得的货币性收入，应纳入“应得工资”范畴，以确保劳动者在获得相关补偿时能够得到公平合理的待遇。

三、加班费的计算方法

在明确了平均工资包含加班费后，我们还需要了解加班费的具体计算方法。加班费的计算涉及加班工资基数的确定、不同加班情形下的加班费计算方法等。

1. 加班工资基数的确定：

   • 有约定的情况：用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了加班工资计算基数的，按照约定的标准来计算加班工资。
   • 无约定的情况：若劳动合同没有明确约定加班工资计算基数，则按照劳动者正常出勤月工资的70%来确定，但不得低于当地最低工资标准。

2. 不同加班情形下的加班费计算方法：

   • 工作日加班：按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者工资。
   • 休息日加班：若不能安排补休，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资。
   • 法定休假日加班：按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。

四、特殊情况说明

虽然平均工资在大多数情况下包含加班费，但统计部门在统计某地区或行业的社会平均工资等宏观数据时，可能会按照一定规则进行核算，其中可能不单独将加班费纳入计算。这是为了反映一定时期内就业人员工资收入的平均水平和总体状况，更侧重于常规工作报酬情况。

五、实际应用建议

在实际应用中，特别是在劳动纠纷涉及经济补偿金、赔偿金等以平均工资作为计算基数的情况时，将加班费纳入平均工资的计算是至关重要的。这样做不仅符合法律法规的要求，也能更公正地保障劳动者的权益。因此，劳动者在遇到相关劳动法律问题时，应确保自己的加班费被正确纳入平均工资的计算中。

综上所述，无论是从定义、法律规定还是实际应用来看，平均工资在涉及劳动者权益核算时是包含加班费来计算的。但在特定情况下，如统计社会平均工资时，可能不包含加班费。因此，在具体应用中需根据实际情况和法律法规进行准确判断。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。