结论：公司已经开具辞退证明的情况下，员工通常仍需办理离职协议，但具体是否需要办理取决于公司的规定和实际情况。不过，从法律层面讲，公司开具辞退证明是法定义务，而员工办理离职协议则是基于双方协商和公司规定的一种手续。

详细分析：

1. 辞退证明的法律性质：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位在解除或终止劳动合同时，应当出具解除或终止劳动合同的证明。这是公司的法定义务，旨在保障劳动者的合法权益，如求职、办理失业登记、社保公积金转移接续等。
   • 辞退证明是公司对员工离职事实的书面确认，具有法律效力。它证明了员工与公司之间的劳动关系已经解除或终止。

2. 离职协议的性质与目的：

   • 离职协议是员工与公司就离职相关事宜（如工作交接、经济补偿、保密义务等）达成的书面协议。它不是法律强制要求的文件，但有助于明确双方的权利和义务，避免后续纠纷。
   • 办理离职协议的过程，也是员工与公司进行工作交接、结算工资和福利、确认离职日期等事项的过程。这有助于确保员工离职的顺利进行，并保护双方的合法权益。

3. 是否需要办理离职协议的具体分析：

   • 如果公司规定必须办理：那么员工应当按照公司规定办理离职协议。这有助于维护公司的管理秩序，也确保了员工离职的合规性。
   • 如果公司没有明确规定：员工可以与公司协商是否办理离职协议。从员工角度讲，办理离职协议可以明确离职后的相关事宜，如经济补偿、保密义务等，有助于保护自己的权益。从公司角度讲，办理离职协议可以确保工作交接的顺利进行，避免后续纠纷。
   • 特殊情况：如果员工与公司之间存在争议或纠纷（如经济补偿、加班费等），办理离职协议时应当特别谨慎。建议员工在办理前咨询专业律师，确保自己的权益得到充分保护。

4. 法律建议：

   • 无论公司是否要求办理离职协议，员工都应当要求公司出具辞退证明。这是员工的合法权益，也是后续求职、办理失业登记等事项的必要材料。
   • 如果公司拒绝出具辞退证明或出具的证明不符合规定，员工可以向当地劳动行政部门投诉，要求其责令公司改正并出具合规的辞退证明。
   • 在办理离职协议时，员工应当仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保护。如有疑问或争议，建议及时咨询专业律师。

后续行动建议：

• 如果您对公司开具的辞退证明或离职协议有任何疑问或争议，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律建议和解决方案。
• 在办理离职手续时，建议您保留好相关证据材料（如辞退证明、离职协议、工资单等），以备后续需要。