指定管辖由上级人民法院指定。以下是对这一问题的详细解释：
指定管辖的基本概念：
- 指定管辖是上级人民法院在特定情况下，对下级人民法院之间的管辖权争议或特殊案件，指定某一人民法院行使管辖权的制度。这是为了确保案件的公正、高效审理，避免因管辖权问题导致的诉讼拖延或不当处理。
指定管辖的适用情形：
- 管辖权争议：当两个或两个以上的人民法院对同一案件的管辖权发生争议，且协商不成时，由它们的共同上级人民法院指定管辖。
- 特殊案件：对于某些特殊案件，如涉及国家秘密、个人隐私或重大社会影响的案件，上级人民法院可能认为由某一特定人民法院审理更为适宜，因此会指定该法院管辖。
指定管辖的程序：
- 在管辖权争议的情况下，相关人民法院应先进行协商，协商不成的，应层报它们的共同上级人民法院指定管辖。
- 上级人民法院在收到指定管辖的申请后，会进行审查，并根据案件的具体情况和审理需要，作出指定管辖的决定。
- 指定管辖的决定应以书面形式作出，并送达被指定的人民法院和争议的人民法院。
指定管辖的法律效果：
- 被指定的人民法院在收到指定管辖的决定后，应立即行使管辖权，对案件进行审理。
- 争议的人民法院在收到指定管辖的决定后，应停止对案件的审理，并将案件材料移送被指定的人民法院。
实际应用中的注意事项：
- 在实际操作中，指定管辖应严格遵循法定程序，确保程序的公正性和透明性。
- 上级人民法院在指定管辖时，应充分考虑案件的具体情况和审理需要，避免不当指定导致的诉讼不公或效率低下。
- 被指定的人民法院在审理案件时，应依法独立行使审判权，确保案件的公正、高效审理。
总结与建议：指定管辖是上级人民法院在特定情况下对下级人民法院之间管辖权争议或特殊案件进行指定管辖的制度。在实际操作中，应严格遵循法定程序，确保程序的公正性和透明性。如果您在司法行政或诉讼管辖方面遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。