结论：申请执行人同时是被执行人时，执行回来的案款是否会被法院扣留，需根据具体情况判断，主要包括是否存在其他债权人的参与分配、是否存在优先受偿权、是否存在法院查封扣押冻结等情形。

分析说明：

1. 存在其他债权人的参与分配：

   • 如果申请执行人（同时也是被执行人）的财产不足以清偿所有债务，且存在多个债权人，那么根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》的相关规定，其他债权人可以申请参与分配。
   • 在这种情况下，执行回来的案款可能会被法院按照债权比例进行分配，而不仅仅归申请执行人所有。因此，案款可能会被部分或全部扣留用于分配给其他债权人。

2. 存在优先受偿权：

   • 如果申请执行人（被执行人）的财产上设有抵押权、质权等优先受偿权，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，优先受偿权人有权优先于其他债权人受偿。
   • 在这种情况下，执行回来的案款可能会被法院优先支付给优先受偿权人，剩余部分才会归申请执行人所有。如果案款不足以支付优先受偿权人的债权，那么申请执行人可能无法获得任何案款。

3. 法院查封扣押冻结等情形：

   • 如果申请执行人（被执行人）的财产被法院查封、扣押或冻结，且存在其他未了结的诉讼或执行案件，那么法院可能会根据相关法律法规的规定，对执行回来的案款进行扣留或提取，以用于清偿其他债务或满足其他法律义务。

特殊场景：

• 如果申请执行人（被执行人）的财产完全足够清偿其所有债务，且不存在其他债权人的参与分配、优先受偿权或法院查封扣押冻结等情形，那么执行回来的案款将全部归申请执行人所有，法院不会进行扣留。

行动建议：

• 了解债务情况：申请执行人应首先了解自己的债务情况，包括债务总额、债权人数量、是否存在优先受偿权等，以便更好地预测执行回来的案款可能面临的分配情况。
• 与法院沟通：在执行过程中，申请执行人应积极与法院沟通，了解执行进展和案款分配情况，以便及时采取措施维护自己的合法权益。
• 寻求法律帮助：如果申请执行人对执行过程或案款分配有疑问或不满，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的权益。

法律背景：

• 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五百零八条至第五百一十四条详细规定了参与分配的程序和规则。
• 《中华人民共和国民法典》第三百八十六条至第四百五十六条详细规定了担保物权的相关内容，包括优先受偿权等。

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