单位自办案件案卷在特定情况下是有可能被查的。以下从几个角度详细分析：
内部监督与审查：
- 单位内部通常设有监督或审查机制，以确保案件处理的公正性和合规性。这些机制可能包括定期的案卷审查、质量评估或专项检查。因此，单位自办案件的案卷有可能在内部监督过程中被查阅。
外部监管与审计：
- 除了内部监督，单位还可能受到外部监管机构的监督，如行业主管部门、审计机关等。这些机构在履行职责时，有权对单位的案件处理情况进行审查，包括查阅案卷。例如，如果单位涉及违法违规行为，相关监管机构可能会介入调查，并查阅相关案卷作为证据。
法律诉讼与仲裁：
- 如果单位自办的案件涉及法律诉讼或仲裁，那么案卷将成为重要的证据材料。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构有权要求单位提供案卷以供审查。此外，如果案件涉及第三方权益，第三方也可能通过法律途径申请查阅案卷。
信息公开与透明度要求：
- 在某些情况下，单位可能需要公开其案件处理情况，以提高透明度和公信力。这可能包括向公众或特定利益相关者提供案卷的摘要或部分内容。虽然这种情况相对较少，但在某些特定领域（如环保、消费者权益保护等）可能更为常见。
建议：
- 单位应建立健全的案卷管理制度，确保案卷的完整性和安全性。这包括制定明确的案卷保存、查阅和销毁规定，以及加强案卷室的物理安全措施。
- 在处理案件时，单位应严格遵守相关法律法规和内部规章制度，确保案件处理的公正性和合规性。这有助于减少案卷被查的风险，并维护单位的声誉和信誉。
- 如果单位担心案卷被查可能带来的风险，可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据单位的实际情况和案件性质，提供针对性的法律意见和风险防范措施。
总之，单位自办案件案卷在特定情况下是有可能被查的。因此，单位应加强案卷管理，确保案件处理的合规性，并在必要时寻求专业法律帮助。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。