关于新闻出版署如何计算非法出版活动中非法经营数额和非法获利数额的问题，目前并没有一个直接由新闻出版署单独发布的、专门针对此问题的详细批复文件作为统一标准。不过，我可以结合相关法律法规及一般实践，为你提供一个全面的分析框架和计算思路。
非法经营数额的计算
非法经营数额在非法出版活动中，通常指的是未经许可出版、印刷、复制、发行出版物所涉及的全部金额。这包括但不限于：
- 销售金额：即非法出版物实际销售出去所获得的总收入。
- 未销售金额：如果非法出版物被查获时尚未销售，那么其标价或者按照市场价格估算的价值也应计入非法经营数额。
- 相关费用：包括但不限于印刷费、运输费、仓储费等与非法出版活动直接相关的费用，这些费用在无法明确区分是否用于非法活动时，可能也会被纳入考虑范围，但具体需根据案件情况和证据来判定。
计算公式（以销售金额和未销售金额为例）：
非法经营数额 = 实际销售金额 + 未销售出版物的估算价值
非法获利数额的计算
非法获利数额则是指非法出版活动所带来的净收益，即扣除所有成本后的利润。这包括：
- 销售收入：同上，即非法出版物销售所获得的总收入。
- 成本扣除：需要扣除与非法出版活动直接相关的所有成本，如印刷成本、纸张费用、运输费用、仓储费用、人员工资等。
- 税费考虑：虽然非法出版活动往往逃避税费，但在计算非法获利时，理论上应扣除如果合法经营需要缴纳的税费（尽管实际操作中可能难以准确计算）。不过，在司法实践中，由于非法出版活动的非法性，税费扣除往往不是重点考虑因素。
计算公式：
非法获利数额 = 销售收入 - 相关成本（包括印刷、运输、仓储等费用）
注意事项
- 证据收集：在计算非法经营数额和非法获利数额时，证据的收集至关重要。这包括销售记录、发票、合同、银行转账记录等，以及能够证明未销售出版物价值的证据。
- 专业评估：对于未销售出版物的价值，可能需要聘请专业的评估机构进行评估，以确保估算的准确性和合理性。
- 司法实践：不同地区的司法实践可能存在差异，对非法经营数额和非法获利数额的计算方法也可能有所不同。因此，在具体案件中，应参考当地司法机关的解释和指导。
法律建议
如果你或你身边的人涉及非法出版活动，并面临相关法律问题，我建议你：
- 立即停止非法活动：避免进一步扩大损失和法律风险。
- 咨询专业律师：虽然我在这里提供了一些基本的分析框架和计算思路，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，咨询一位专注于知识产权领域的专业律师是非常必要的。
- 配合调查：如果已经被相关部门调查或起诉，应积极配合调查工作，如实提供证据和信息，以争取从轻或减轻处罚。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。