三包索赔由供应商开红票可能存在以下问题：

1. 税务合规风险
   红票（增值税红字发票）通常用于冲减原发票金额，若供应商随意开具红票，可能涉及虚开发票或滥用红票的税务风险。例如，若三包索赔金额与实际维修成本不符，供应商可能通过红票虚减收入，导致税务申报不实，进而引发税务机关的稽查和处罚。

2. 合同履行争议
   三包索赔的依据通常是销售合同或产品保修协议。若供应商单方面通过红票处理索赔，可能绕过合同约定的索赔流程（如维修、换货等），导致双方对索赔方式、金额或责任产生争议。例如，买方可能主张供应商应先履行维修义务，而非直接开具红票冲减货款。

3. 财务处理混乱
   红票的开具会影响买卖双方的财务记录。若供应商未与买方协商一致开具红票，可能导致买方财务系统与供应商的账目不一致，影响成本核算、应收账款管理或税务申报。例如，买方可能已将索赔金额计入费用，但供应商开具红票后，买方需调整账目，增加财务工作量。

4. 审计风险
   若三包索赔频繁通过红票处理，可能引起审计机构的关注。审计方可能质疑红票的合理性（如是否符合商业惯例、是否存在利益输送等），要求企业提供充分证据证明红票与实际索赔的关联性。若无法证明，可能被认定为财务违规。

5. 法律关系模糊
   红票本质是发票层面的调整，不直接等同于索赔的解决。若供应商仅开具红票但未实际履行三包义务（如维修、退换货等），买方可能仍需通过法律途径主张权利，导致纠纷复杂化。例如，买方可能以“未履行保修义务”为由起诉供应商，而供应商可能以“已开具红票”为由抗辩，增加诉讼成本。

建议：
若涉及三包索赔，建议双方明确约定索赔方式（如维修、换货、退款等），并在合同中明确红票的开具条件（如索赔金额、流程等）。若需通过红票处理，应保留相关证据（如维修记录、索赔通知等），以避免后续争议。如有具体案件，可直接向我咨询细节。