土地被占用后，土地承包经营权证是否仍然有效，需分情况讨论：

1. 若占用行为合法且符合程序
   例如因国家征收、公共利益需要（如修路、建学校等），且已依法完成补偿安置程序，此时原土地承包经营权终止，土地承包经营权证会被依法注销或收回。根据《农村土地承包法》第27条，承包期内发包方不得收回承包地，但因国家征收导致土地灭失的除外。

2. 若占用行为违法（如未经同意私自占用、强占）
   原土地承包经营权仍受法律保护，土地承包经营权证继续有效。您可通过以下途径维权：

   • 行政途径：向当地自然资源部门举报非法占地行为，要求查处并恢复土地原状；
     
   • 民事途径：依据《民法典》第342条，起诉侵权人停止侵害、返还土地并赔偿损失；
     
   • 刑事途径：若占用行为涉嫌非法占用农用地罪（如改变土地用途、破坏种植条件），可向公安机关报案。

3. 若占用后土地性质或用途发生变更
   例如耕地被转为建设用地，需依法办理农用地转用审批手续。若未履行法定程序，土地承包经营权证效力不受影响，但实际使用可能受限。此时可要求相关部门补办手续或主张赔偿。

建议行动：

• 立即收集证据（如土地承包合同、经营权证、占用现场照片、证人证言等）；
  
• 书面要求占用方停止侵害并协商补偿；
  
• 若协商无果，尽快委托律师介入，通过法律程序维护权益。
  

如有进一步细节（如占用主体、是否补偿、土地用途等），可向我补充说明，以便更精准分析。