关于追回国自然科研经费中已经花掉的部分，这确实是一个复杂且需要细致处理的问题。首先，要明确的是，能否追回以及如何追回，取决于经费使用的具体情况、相关法律法规以及科研管理政策。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 经费使用的合规性：

   • 如果已经花掉的科研经费是按照项目计划、预算和相关规定合理使用的，那么这部分经费通常是无法追回的。因为科研经费的支出是为了完成科研项目，只要支出合理且符合规定，就应当视为正常消耗。
   • 如果经费使用存在违规行为，如超预算支出、挪用经费、虚假报销等，那么这部分经费就有可能被追回。违规行为不仅违反了科研管理政策，也可能触犯了法律法规，相关责任人需要承担相应的法律责任。

2. 追回的程序和方式：

   • 在发现经费使用违规后，科研机构或项目管理部门通常会启动内部调查程序，核实违规事实，并依据相关规定对责任人进行处理。
   • 如果违规行为严重，涉及金额较大，科研机构或项目管理部门可能会向相关部门（如科技部门、财政部门等）报告，并请求协助追回经费。
   • 追回经费的方式可能包括要求责任人退还违规所得、从责任人的其他经费中扣减、通过法律途径追偿等。

3. 法律后果和责任：

   • 对于违规使用科研经费的责任人，除了可能面临经费追回的后果外，还可能受到行政处分、纪律处分甚至刑事处罚。
   • 根据《中华人民共和国科学技术进步法》、《中华人民共和国预算法》等相关法律法规，违规使用科研经费可能构成违法行为，需要承担相应的法律责任。

4. 实际操作中的建议：

   • 如果你是科研机构或项目管理部门的工作人员，发现经费使用违规后，应立即启动内部调查程序，并保留好相关证据。
   • 在处理违规行为时，应遵循公平、公正、公开的原则，确保处理结果合法合规。
   • 如果涉及金额较大或情况复杂，建议咨询专业律师或相关部门的意见，以确保处理方式的正确性和合法性。

总结来说，追回国自然科研经费中已经花掉的部分并非易事，它取决于经费使用的合规性、追回的程序和方式以及法律后果和责任等多个因素。因此，在处理此类问题时，应谨慎行事，确保每一步都符合法律法规和科研管理政策的要求。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。