委托公司代结款是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若符合相关法律法规及合同约定，则是合法的。以下从不同角度进行分析：
一、合法性基础
委托代理关系：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于委托合同的规定，当事人可以约定由一方委托另一方处理事务，受托人以委托人的名义在委托权限内进行民事法律行为，其法律后果直接归属于委托人。因此，若公司之间存在明确的委托代理关系，且委托事项合法，代结款行为即具有合法性基础。
合同约定：
- 如果双方公司在合同中明确约定了代结款的相关条款，包括代结款的金额、方式、时间等，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么代结款行为即受合同保护，具有合法性。
二、可能存在的法律风险及合规要点
无权代理或超越代理权限：
- 若受托公司未经委托公司授权或超越授权范围进行代结款，可能构成无权代理或超越代理权限，导致代结款行为无效，甚至可能引发法律纠纷。因此，确保代理权限的明确性和有限性至关重要。
资金安全与监管：
- 代结款涉及资金流转，需确保资金的安全性和合规性。双方公司应建立完善的资金监管机制，防止资金被挪用或滥用。同时，应遵守相关金融监管规定，如反洗钱、反恐怖融资等。
税务合规：
- 代结款行为可能涉及税务问题，如增值税、企业所得税等。双方公司应确保代结款行为的税务合规性，按照税法规定进行纳税申报和缴纳税款。
合同履行与违约责任：
- 若代结款行为涉及合同履行，双方公司应明确合同条款，包括代结款的金额、时间、方式等，并按照约定履行。若一方违约，应承担相应的违约责任。
三、实际操作建议
明确委托代理关系：
- 双方公司应签订书面委托合同，明确委托事项、代理权限、期限等条款，确保代理关系的合法性和有效性。
建立资金监管机制：
- 双方公司应共同建立资金监管机制，确保代结款资金的安全性和合规性。可以设立专门账户进行资金管理，并定期进行审计和核对。
遵守税务规定：
- 双方公司应咨询专业税务机构或律师，确保代结款行为的税务合规性。按照税法规定进行纳税申报和缴纳税款，避免税务风险。
及时沟通与协商：
- 在代结款过程中，双方公司应保持及时沟通与协商，共同解决可能出现的问题和纠纷。若发生争议，应优先通过协商、调解等方式解决；若无法解决，可依法通过诉讼或仲裁等途径解决。
总结来说，委托公司代结款在符合相关法律法规及合同约定的情况下是合法的。然而，在实际操作中，双方公司需注意代理权限的明确性、资金安全与监管、税务合规以及合同履行与违约责任等问题。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。